Outil d'analyse de données RNAseq comprenant des notebooks pour la primary et secondary analysis, l'annotation fonctionnelle et la gestion de pipelines avec Snakemake. Permet l'analyse de données d'expression génique et l'identification de gènes différentiellement exprimés.

Ce pipeline d'analyse utilise Snakemake pour le traitement de données RNAseq et la détection de gènes différentiellement exprimés. Il prend en charge les données paired-end provenant d'un séquenceur Illumina HiSeq et utilise des outils tels que prinseq, cutadapt, STAR, HTSeq, DESeq2 et ClusterProfiler.

RNAja est un pipeline écrit en snakemake permettant d'analyser des données RNAseq, de réaliser des analyses différentielles d'expression en utilisant plusieurs mappeurs et compteurs. RNAja est le seul pipeline capable de comparer les effets des méthodes sur les gènes différentiellement exprimés.

Ce projet analyse les données RNA-seq pour détecter les variations d'expression génique et identifier les gènes différentiellement exprimés. Il fournit des visualisations pour aider à comprendre les résultats.

Ce projet consiste en une analyse différentielle d'arbres à partir de données génomiques. Il permet de rechercher des variations génétiques et d'analyser les différences entre différents groupes d'individus.