Le kit du débutant est un projet dédié à la segmentation d'images biologiques et à l'analyse de données cellulaires. Il fournit des instructions d'installation et d'utilisation de Cellpose, un outil de segmentation d'images, sur différentes plateformes (Windows, Linux) et interfaces (Fiji, QuPath). Le projet vise à automatiser le traitement d'images et à faciliter l'analyse de données cellulaires pour les débutants en bio-image informatique.

Seqtk est un outil léger et rapide pour le traitement de séquences biologiques au format FASTA ou FASTQ. Il prend en charge la lecture des deux formats de fichiers, qui peuvent être compressés avec gzip. Il est utilisé dans l'analyse de données biologiques, telles que l'alignement de séquences, le filtrage de données, etc.

Bioawk est un package bioinformatique modifié pour le traitement de données biologiques, notamment les données génomiques. Il s'agit d'une version modifiée d'awk, un langage de programmation utilisé pour le traitement de texte et des données. bioawk est conçu pour être utilisé avec des données biologiques et fournit des fonctionnalités supplémentaires pour faciliter l'analyse de ces données.

Le projet biotools est un ensemble de scripts Perl dédiés à l'analyse et la gestion de données biologiques. Il permet d'automatiser des workflows de laboratoire et de faciliter le traitement de données de recherche en biologie.

Le plugin Google Gson pour Icy est une bibliothèque permettant la gestion et l'analyse d'images biologiques. Il offre des fonctionnalités de traitement et de visualisation d'images, ainsi que la gestion de données associées. Développé par des membres ou anciens membres de l'unité BioImage Analysis de l'Institut Pasteur, ce plugin est distribué sous licence GPL3.

Le projet scripts_files est une collection de scripts et de fichiers permettant d'automatiser des tâches administratives, de gérer des workflows de traitement de données et de générer des scripts d'analyse de données. Il est conçu pour être utilisé dans un contexte de recherche et de développement en biologie.

Le projet sra-tools est un ensemble d'outils en ligne de commande permettant l'analyse et le traitement de données de séquençage à haut débit. Il inclut le SRA Toolkit et le SDK de NCBI, et permet la gestion et la manipulation de données du SRA (Sequence Read Archive). Ce projet est utilisé dans la recherche en biologie des séquences.

Ce projet, lié au projet MIX-ENABLE, vise à réaliser une analyse de la déviance positive dans l'élevage mixte pour une agriculture durable. Il traite et analyse des données relatives à l'élevage biologique et conventionnel, permettant ainsi de comparer différents systèmes d'élevage et d'identifier des pratiques innovantes et durables.

Le projet ateliers_bioinfo vise à fournir des tutoriels et des ressources pour l'analyse de données en biologie, en particulier pour le traitement et la visualisation de données RNA-Seq. Il s'agit d'un dépôt de code source contenant des slides et des tutoriels pour aider les utilisateurs à comprendre et à analyser ces données.

Melbase est une plateforme dédiée au suivi des patients atteints de mélanome métastatique en France. Elle permet de centraliser les données cliniques et biologiques pour évaluer l'efficacité des thérapies ciblées et des immunothérapies. La solution facilite la collaboration entre centres experts et génère des analyses pour optimiser les traitements personnalisés et comprendre les mécanismes de résistance.