Le projet seascape_course_cloud est une plateforme d'analyse de données génomiques marines. Il permet aux utilisateurs de traiter et d'analyser des données de séquençage à haut débit pour détecter des structures populationnelles chez les organismes marins et construire des cartes génétiques pour l'étude des paysages.

Bioawk est un package bioinformatique modifié pour le traitement de données biologiques, notamment les données génomiques. Il s'agit d'une version modifiée d'awk, un langage de programmation utilisé pour le traitement de texte et des données. bioawk est conçu pour être utilisé avec des données biologiques et fournit des fonctionnalités supplémentaires pour faciliter l'analyse de ces données.

Ce projet fournit un algorithme pour le traitement et l'analyse de données de séquençage génomique, permettant la détection de variantes et l'alignement de séquences. Il offre une solution robuste et efficace pour la gestion de données de séquençage haut débit.

Cutadapt est un outil bioinformatique permettant de traiter des données de séquençage haut débit en supprimant des adaptateurs spécifiques. Il est utilisé en amont de l'analyse de données de génomique et permet d'améliorer la qualité des données en supprimant les séquences d'adaptateurs indésirables.

Samtools est un ensemble d'outils conçus pour gérer et analyser les fichiers SAM, BAM et CRAM, largement utilisés dans le traitement des données de séquençage génomique. Il permet de visualiser, filtrer et trier ces données, ainsi que de réaliser différents types de calculs et de comparaisons.

DiscoSnp++ est un outil d'analyse génomique permettant la détection de variations génétiques, telles que les SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) et les indels (insertions et délétions), à partir de jeux de données brutes de lectures. Il ne nécessite pas de génome de référence et peut traiter plusieurs jeux de lectures simultanément.

Ce pipeline snakemake permet le traitement de données ATAC-seq en vue de l'analyse de régions fonctionnelles dans le génome. Il comprend des étapes de contrôle qualité, d'alignement sur le génome de référence, de filtrage des séquences, d'appel de pics et de visualisation sur le navigateur UCSC.

Ce projet combine les fonctionnalités de dada2 et FROGS pour analyser des données génomiques, identifier des espèces à partir de séquences d'ADN et générer des rapports sur la composition des échantillons. Il est capable de traiter les données 16S et ITS.

MetagWGS est une pipeline d'analyse bioinformatique utilisant Nextflow pour le séquençage de génomes métagénomiques entiers. Il traite les données raw .fastq/.fastq.gz et/ou des assemblies (contigs) .fa/.fasta. Les modules du workflow comprennent le nettoyage et le filtrage des séquences, l'assemblage, l'annotation structurale et fonctionnelle des gènes.

Ezqtlseq est un pipeline d'analyse de données génomiques permettant la recherche de QTL (Quantitative Trait Loci) dans des populations. Il s'agit d'une version 2.0 améliorée du pipeline initial développé par l'INRAE.