Outil bioinformatique permettant d'identifier des séquences d'ADN spécifiques au sein de grands génomes en utilisant des transformations de Fourier. Il accélère la recherche de motifs génomiques en générant des fichiers de sortie compatibles avec des outils d'analyse génomique comme UCSC Genome Browser. Idéal pour les chercheurs en biologie moléculaire ou en génomique.

Serratus-Palmfold est un projet open source dédié à l'analyse comparative de séquences génomiques à grande échelle. Il permet aux chercheurs en biologie et bioinformatique d'identifier des similarités entre génomes, de détecter des motifs fonctionnels et d'accélérer la découverte de gènes ou de régions d'intérêt. L'outil s'appuie sur des algorithmes avancés pour traiter des volumes massifs de données génomiques, facilitant ainsi la recherche fondamentale et appliquée en génomique.

Outil dédié à l'annotation fonctionnelle des génomes microbiens et eucaryotes. Il permet d'identifier et de classifier les gènes, de prédire leurs fonctions et de reconstruire les réseaux métaboliques. Utilisé par les chercheurs en génomique et en biologie des systèmes pour accélérer l'analyse des données génomiques et faciliter la compréhension des mécanismes biologiques sous-jacents.

Ce projet automatise la construction d'unités de contigs (unitigs) ou de contigs à partir de données génomiques en utilisant des outils comme BCALM ou Minia. Il s'appuie sur une infrastructure AWS pour orchestrer le traitement des données via AWS Batch, en déclenchant des calculs dès qu'un fichier est déposé dans un bucket S3. L'objectif est de simplifier et accélérer l'analyse de séquences génomiques pour des applications en bioinformatique.

Application de bureau dédiée à l'analyse de données de cellules uniques, permettant aux chercheurs et biologistes de traiter, visualiser et interpréter des résultats expérimentaux complexes. L'outil facilite l'exploration de données génomiques et biomédicales pour accélérer les découvertes scientifiques dans des domaines comme la génomique ou la biologie cellulaire.

Projet dédié à la création et à la diffusion d'outils bioinformatiques pour l'analyse de données biologiques. Il facilite le développement de pipelines d'analyse, la visualisation de résultats et la collaboration entre chercheurs. Les solutions proposées visent à accélérer la recherche en biologie et en génomique, en rendant les outils accessibles et réutilisables.

Splitfastq est un outil en ligne de commande conçu pour fragmenter des fichiers FASTQ, utilisés en génomique pour stocker des séquences d'ADN. Il permet de diviser ces fichiers en sous-ensembles de données, facilitant ainsi leur traitement parallèle par des logiciels comme bwa. L'outil est particulièrement utile pour accélérer les analyses de séquençage en répartissant la charge de calcul sur plusieurs processus.