Environnements RStudio et Cytoscape dédiés à des ateliers de formation en bioinformatique (ETBII-2023). Ces outils permettent aux participants d'effectuer des analyses statistiques avancées, de visualiser des données biologiques complexes et d'explorer les réseaux moléculaires. Les ateliers couvrent des thématiques comme l'analyse multivariée, la génomique et l'écologie fonctionnelle.

Le projet 10Xgenomics vise à fournir des outils pour l'analyse et la visualisation de données génomiques. Il permet aux chercheurs en génomique de gérer et d'interpréter facilement de grandes quantités de données génomiques grâce à une interface intuitive et des fonctionnalités avancées.

Le projet gattlab est une plateforme dédiée à l'analyse de données génomiques. Il permet la recherche de variations génétiques, le développement d'outils de bio-informatique et la gestion de workflows de génomique. Il offre des fonctionnalités avancées pour les chercheurs et professionnels du domaine de la génomique.

GRAAL est une bibliothèque C++ en en-tête unique conçue pour manipuler des banques génomiques et des modèles de k-mers. Elle permet de créer, stocker et analyser des séquences ADN à partir de fichiers FASTA ou FASTQ, avec des fonctionnalités avancées comme l'encodage compact de l'ADN et la gestion de collections de banques. Utilisée pour des analyses génomiques, elle facilite le traitement de grandes quantités de données biologiques.

COVflow est un pipeline bioinformatique dédié à l'analyse phylogénétique et phylodynamique des séquences génomiques du SARS-CoV-2. Il permet de filtrer, aligner et masquer les sites des données génomiques, de construire et d'évaluer des arbres phylogénétiques, puis de générer des fichiers XML prêts à l'emploi pour des analyses phylodynamiques avancées avec BEAST2. L'outil facilite l'étude de la dynamique de transmission du virus et l'estimation de paramètres épidémiologiques clés.

Libhts est une bibliothèque Python et un ensemble d'outils dédiés au traitement et à l'analyse de données issues du séquençage haut débit. Elle permet aux chercheurs et bioinformaticiens de manipuler, convertir et visualiser des données génomiques complexes comme les fichiers BAM ou BigWig. L'outil facilite l'extraction de régions spécifiques, la génération de visualisations graphiques et l'automatisation de workflows pour des analyses génomiques avancées.

Pop-Genomics est un projet dédié à l'analyse et la visualisation de données génomiques. Il permet de gérer des workflows de génomique et offre des fonctionnalités avancées de visualisation de données.

GenoFig est un outil dédié à la visualisation graphique de régions génomiques annotées et à la comparaison de régions homologues entre séquences génétiques. Il permet aux chercheurs et biologistes de générer des figures claires et personnalisables pour illustrer des données génomiques, facilitant ainsi l'analyse et la présentation des résultats scientifiques. L'application prend en charge les formats GenBank et FASTA, et offre des fonctionnalités avancées pour mettre en évidence des gènes ou des caractéristiques spécifiques.

Projet dédié à l'analyse et au traitement de données génomiques, notamment l'extraction et l'interprétation de variants à partir de fichiers VCF. Utilisé pour des études génétiques avancées, comme l'analyse de la dyslexie ou d'autres troubles, en s'appuyant sur des pipelines bioinformatiques optimisés pour le calcul haute performance.

Outil dédié à l'exécution d'analyses statistiques avancées sur des données génétiques à grande échelle. Il permet de préparer les données, lancer des analyses complexes et parser les résultats pour en extraire des insights pertinents. Utilisé principalement dans le cadre de recherches génomiques, il facilite le traitement automatisé de jeux de données volumineux et leur interprétation.