Le pipeline GeneAnnotation est un outil d'analyse de génomes métagénomiques qui permet de prédire les séquences codantes dans les génomes et de les annoter fonctionnellement en utilisant les bases de données eggNOG. Il génère également des matrices d'abondance des gènes.

Outil d'analyse de variations génomiques permettant de localiser les positions de variants sur le génome, de vérifier leur présence sur des régions annotées et de déterminer la fonction protéique des gènes associés.

InGenAnnot est un ensemble d'utilitaires permettant d'inspecter et de générer des statistiques pour un ou plusieurs jeux d'annotations géniques. Il permet la comparaison de structures et peut aider à prioriser les efforts de curation manuelle. InGenAnnot utilise parmi d'autres choses, la classification SO des gènes-spliceage [SO [1]] qui vise à classer les alternates transcrits en sept catégories ou l'Annotation Edit Distance [AED [2]] proposé comme métrique pour le soutien des preuves.

Le projet specifics_ortho_kb est un pipeline Nextflow permettant de créer des fichiers pour une base de données Neo4j à partir de données génomiques de différentes espèces végétales. Il permet d'analyser les génomes, de créer des graphes de données génomiques, d'annoter les gènes et les protéines, et de détecter des familles de gènes et des orthologues.

RNA-tailor est un outil conçu pour inventorier de manière précise le répertoire des transcrits alternatifs d'un gène cible à partir de données de séquençage de troisième génération. L'objectif de cet outil est de fournir une image précise au niveau des nucléotides de tous les transcrits alternatifs possibles d'un gène cible, sans aucune donnée d'annotation.

PHINDaccess_FUNOMICs est un projet dédié à la formation dans le domaine de l'annotation et de l'analyse fonctionnelle de données génomiques et épigénomiques. Il propose des tutoriels pratiques couvrant divers aspects de l'analyse fonctionnelle, tels que l'annotation fonctionnelle à l'aide de Gene Ontology et Kegg, l'analyse fonctionnelle avec GSEA, GREAT et methylGSA, l'analyse de données OMICs et l'analyse de réseaux.

AnnotationYoPe est un outil d'annotation de séquences biologiques utilisant la méthode EggNOG. Il permet l'analyse de séquences, la classification d'organismes et la recherche d'homologies de gènes.

Ce projet consiste en l'analyse du génome de la levure Millerozyma farinosa, avec la détermination de divers éléments tels que les gènes, les pseudogènes, les ARN de transfert et les ARN ribosomaux. Les données sont fournies par le projet ENA PRJEA73835 et les annotations originales ont été réalisées par le Genolevures Consortium.

Ce projet vise à rassembler et annoter le génome de la souche de levure *Blastobotrys adeninivorans* LS3, en utilisant des données provenant de la source ENA. Il fournit des informations sur l'assemblage et l'annotation du génome, y compris le nombre de chromosomes, la longueur de l'assemblage, le nombre de gènes codants, de pseudogènes, d'ARN de transfert, d'ARN ribosomique et d'éléments mobiles.

BioAutoMATED est une plateforme d'apprentissage automatique (AutoML) dédiée à l'analyse de séquences biologiques. Elle intègre plusieurs méthodes AutoML dans un cadre unifié, offrant aux utilisateurs des techniques pertinentes pour l'analyse, l'interprétation et la conception de séquences biologiques. BioAutoMATED permet de prédire la régulation des gènes, les interactions peptide-médicament et l'annotation des glycanes avec une performance comparable à celle de modèles manuellement ajustés, mettant en évidence les caractéristiques séquentielles saillantes. En automatisant la modélisation des séquences, BioAutoMATED permet aux scientifiques de la vie de plus facilement intégrer l'apprentissage machine dans leur travail.