GrAnnot est un outil dédié à l'annotation de graphes génomiques, permettant d'ajouter des annotations (gènes, éléments transposables) directement sur des graphes représentant des pangenomes. Il facilite le transfert d'annotations entre différents génomes et génère des matrices de présence/absence pour analyser la distribution des gènes au sein d'une espèce ou entre espèces apparentées. Utilisé principalement en génomique comparative, il aide les chercheurs à comprendre l'organisation et l'évolution des génomes.

GrAnnoT est un outil d'analyse génomique conçu pour transférer des annotations linéaires vers des graphes pangenomes et vice versa. Il permet d'étudier les relations entre génomes en produisant des alignements de gènes et des matrices de présence-absence. Utilisé dans la recherche en génomique, il facilite l'analyse comparative des génomes au sein de graphes pangenomes, essentiels pour comprendre la diversité génétique et les variations structurales.

Le projet specifics_ortho_kb est un pipeline Nextflow permettant de créer des fichiers pour une base de données Neo4j à partir de données génomiques de différentes espèces végétales. Il permet d'analyser les génomes, de créer des graphes de données génomiques, d'annoter les gènes et les protéines, et de détecter des familles de gènes et des orthologues.

GenoFig est un outil dédié à la visualisation graphique de régions génomiques annotées et à la comparaison de régions homologues entre séquences génétiques. Il permet aux chercheurs et biologistes de générer des figures claires et personnalisables pour illustrer des données génomiques, facilitant ainsi l'analyse et la présentation des résultats scientifiques. L'application prend en charge les formats GenBank et FASTA, et offre des fonctionnalités avancées pour mettre en évidence des gènes ou des caractéristiques spécifiques.

EasyFig 3 est un outil dédié à la visualisation graphique de régions génétiques annotées et à la comparaison de régions homologues. Il permet aux chercheurs et biologistes de générer des figures claires et personnalisables à partir de données génomiques (séquences FASTA ou GenBank). L'application facilite l'analyse visuelle des annotations, des similarités entre séquences et des caractéristiques génétiques, tout en offrant des options de personnalisation avancées pour répondre aux besoins spécifiques des publications scientifiques ou des présentations.

DeCovA est un outil en ligne de commande écrit en Perl qui permet d'analyser la couverture de séquençage d'ADN et de détecter des variations du nombre de copies (CNV). Il prend en entrée des fichiers BAM et une annotation génomique et produit des graphiques et des fichiers de sortie contenant des informations sur la profondeur de couverture et les CNV.

Outil dédié à la visualisation et à l'analyse interactive de données génomiques directement dans un environnement Jupyter Notebook. Permet de superposer des annotations génomiques (comme des fichiers GFF) avec des séquences ADN (fichiers FASTA) pour créer des graphiques personnalisés et faciliter l'exploration des génomes.

Outil dédié à la construction, l'annotation et la visualisation de graphes de séquences génomiques ou transcriptomiques. Permet aux chercheurs et biologistes de manipuler des données complexes sous forme de graphes, d'appliquer des filtres et des actions pour extraire des informations pertinentes, et de sauvegarder des états de visualisation pour une analyse collaborative ou répétée.

IsbpFinder est un script Perl dédié à la conception de marqueurs ISBP (Insertion Site Based Polymorphism) pour l'amplification de jonctions entre éléments transposables dans des génomes de plantes. Il permet la création de caractéristiques représentant des primers/amplicons couvrant la jonction entre deux éléments transposables, offrant ainsi une vue graphique des différents marqueurs conçus via un logiciel d'annotation de séquences tel qu'Artemis.

Metage2metabo est un outil Python3 qui permet d'effectuer une analyse graphique basée sur la métabolomique à partir de génomes annotés. Il utilise Pathway Tools de manière automatique et parallèle pour reconstruire des réseaux métaboliques pour un grand nombre de génomes. Les réseaux métaboliques obtenus sont ensuite analysés individuellement et collectivement pour obtenir la valeur ajoutée de la coopération métabolique dans un microbiote par rapport à la métabolomique individuelle et pour identifier et filtrer les organismes intéressants parmi tous.