Magasp est un outil dédié à la reconstruction de MAGs (Metagenome-Assembled Genomes) à partir de données métagénomiques. Il permet d'analyser les distances entre contigs, de prédire les gènes marqueurs et de traiter des matrices d'abondance et de TNF (TetraNucleotide Frequency). Utilisé principalement en recherche académique, il facilite l'assemblage et l'interprétation de génomes issus de communautés microbiennes complexes.

Flye est un outil bioinformatique spécialisé dans l'assemblage de génomes à partir de lectures de séquençage de molécules uniques, comme celles produites par les technologies PacBio et Oxford Nanopore. Il prend en entrée des données brutes et génère des contigs polissés, adaptés aussi bien à des projets bactériens qu'à des assemblages à grande échelle comme ceux des mammifères. Il inclut également un mode dédié à l'assemblage de métagénomes.

Ce dépôt contient un pipeline d'assemblage et d'évaluation de génomes métagénomiques à partir de lectures longues, avec une focus sur les assembleurs hi-fi mais également avec un support pour les assembleurs lo-fi et hybrides. Ce pipeline a été utilisé pour étudier l'assemblage de systèmes écologiques complexes et leur évaluation.

MetagWGS est une pipeline d'analyse bioinformatique utilisant Nextflow pour le séquençage de génomes métagénomiques entiers. Il traite les données raw .fastq/.fastq.gz et/ou des assemblies (contigs) .fa/.fasta. Les modules du workflow comprennent le nettoyage et le filtrage des séquences, l'assemblage, l'annotation structurale et fonctionnelle des gènes.

Magneto est un pipeline automatisé pour l'analyse de données métagénomiques. Il permet la reconstruction de génomes microbiens, la classification taxonomique de séquences et l'assemblage de séquences métagénomiques.