Ce projet permet d'identifier automatiquement les lames pathologiques floues ou partiellement floues issues de scanners microscopiques. Il génère un rapport de qualité pour chaque image, indiquant si elle est entièrement floue, partiellement floue ou nette. L'outil aide à filtrer les images de mauvaise qualité avant leur utilisation dans des défis de données ou des analyses médicales automatisées, améliorant ainsi la fiabilité des résultats.

Projet dédié à l'analyse automatisée d'images microscopiques, notamment pour l'étude des chromatophores dans des séquences vidéo. Il permet la détection, la classification et l'analyse quantitative de structures biologiques à partir d'images issues de caméras montées sur des microscopes stéréoscopiques. Les outils développés visent à faciliter la recherche en neuroéthologie et en biologie marine, en automatisant des processus complexes d'analyse d'images.

Ce projet fournit un guide et des scripts pour installer Scipion3, un logiciel dédié à la reconstruction d'images en microscopie électronique, sur des machines du domaine pasteur.fr. Il simplifie le déploiement en automatisant l'installation de Miniconda3 et des dépendances nécessaires, permettant aux chercheurs de se concentrer sur leurs analyses sans se soucier des aspects techniques d'installation.

Ce plugin permet d'intégrer les fonctionnalités de Micro-Manager, un logiciel dédié à l'acquisition d'images microscopiques, au sein de l'environnement Icy. Il facilite l'automatisation des protocoles d'imagerie biologique en offrant des blocs de traitement modulaires. Destiné aux chercheurs et biologistes, il simplifie la gestion des configurations de microscopes et l'analyse d'images, tout en s'appuyant sur des outils open source pour une recherche reproductible.

Outil open source dédié à l'estimation de la résolution d'images à partir de l'analyse de leur décorrélation. Il permet aux chercheurs et scientifiques de quantifier objectivement la netteté d'une image sans paramètre manuel, facilitant ainsi l'évaluation de la qualité d'acquisition dans divers domaines comme la microscopie ou l'imagerie médicale. Basé sur un algorithme publié dans Nature Methods, il offre une solution automatisée et reproductible pour des applications exigeantes en précision.

Plugin pour le logiciel Icy permettant de contrôler des microscopes et dispositifs microscopiques via le framework Micro-Manager. Il facilite l'acquisition d'images en temps réel, l'analyse bioimage et l'intégration des équipements de microscopie dans un environnement d'analyse d'images open source. Destiné aux chercheurs et biologistes pour automatiser et optimiser leurs workflows d'imagerie.

OpenCV est un plugin pour le logiciel d'analyse d'images biologiques Icy, développé par l'unité d'analyse d'images biologiques de l'Institut Pasteur. Il permet aux chercheurs et biologistes d'effectuer des traitements avancés sur des images microscopiques, comme la détection d'objets, la segmentation ou l'analyse de séquences vidéo en temps réel. Ce plugin facilite l'automatisation des workflows d'analyse d'images pour des applications en recherche biomédicale.

Zellige est un outil logiciel dédié à l'extraction automatisée de surfaces multiples et variées à partir d'images 3D acquises par microscopie de fluorescence. Il permet de segmenter et projeter plusieurs surfaces d'intérêt dans un même volume, même en présence de textures, contrastes ou inclinaisons variables. Conçu pour les biologistes et chercheurs, il facilite l'analyse quantitative des tissus épithéliaux en générant des projections 2D précises à partir de données 3D complexes.

Le projet Lacoscope est une plateforme open source dédiée à l'observation microscopique automatisée, principalement utilisée pour l'analyse d'échantillons biologiques comme le plancton. Il combine matériel (Raspberry Pi, moteurs pas à pas, caméras) et logiciel pour capturer, traiter et analyser des images haute résolution. Le système intègre des modules de pilotage de pompes microfluidiques pour la gestion des fluides et des solutions optiques pour une calibration précise.

Outil dédié à l'analyse automatisée d'images cellulaires pour la formation et la recherche en biologie. Permet de créer des pipelines de traitement d'images pour extraire des données quantitatives à partir d'images de microscopie. Utilisé dans le cadre d'une formation nationale en France.