Dépôt hébergeant les notebooks du MOOC Inria sur la BioInformatique, permettant l'apprentissage de la bioinformatique, l'analyse d'algorithmes et de génomes, et la consultation de notebooks en ligne.

Ce projet a pour but de faciliter la reproductibilité des workflows de bioinformatique en fournissant des environnements virtuels et en optimisant l'utilisation des ressources de calcul. Il vise également à promouvoir la réutilisabilité et la collaboration dans la recherche en bioinformatique.

Ce projet fournit des supports de tutoriels pour Snakemake, un outil de gestion de workflows bioinformatiques. Les tutoriels sont adaptés pour être exécutés sur la plateforme bioinformatique Genotoul en utilisant Conda et Singularity. Le projet inclut des slides, des tutoriels courts et longs, ainsi que des liens vers la documentation officielle et d'autres ressources utiles.

SAMBA est un workflow FAIR et évolutif qui intègre des méthodes bioinformatiques et statistiques de pointe pour la réalisation d'analyses reproductibles d'eDNA à l'aide de Nextflow. Le workflow vérifie l'intégrité des lectures brutes et des métadonnées, effectue toutes les étapes de bioinformatique à l'aide de procédures couramment utilisées (QIIME 2 et DADA2) et ajoute de nouvelles étapes utilisant dbOTU3 et microDecon pour créer des tableaux de compte ASV de haute qualité. Des analyses statistiques étendues sont également effectuées. Enfin, SAMBA produit un rapport HTML complet et dynamique incluant les ressources utilisées, les commandes exécutées, les résultats intermédiaires, les analyses statistiques et les figures.

Les Bioinformelles sont des réunions pour les personnes qui utilisent la bioinformatique dans leur travail quotidien. L'accent est mis sur la discussion des méthodes plutôt que sur les résultats biologiques. Il y a une liste de diffusion formelle, un serveur Discord informel, un calendrier pour les réunions à venir, un dépôt Git pour les présentations et les comptes-rendus, une boîte à idées pour proposer des interventions et des séances de coworking.

Ce projet vise à introduire les approches computationnelles pour l'étude des systèmes biologiques. Grâce à des techniques expérimentales novatrices, le fonctionnement des systèmes biologiques peut désormais être exploré avec une précision quantitative au niveau du génome. Ce cours propose une introduction aux aspects bioinformatiques et statistiques de l'analyse de données biologiques à grande échelle (OMICs) et offre des exercices pratiques pour approfondir la compréhension de concepts clés par une expérience concrète sur des jeux de données choisis.

BioinfOnAir est un projet visant à augmenter les connaissances en bioinformatique et en méthodes statistiques au sein de l'unité DIADE. Il propose des sessions de formation et de partage de connaissances sous forme de discussions et de groupes de travail en mode Reproductible Science.

Le projet bioinfo-utils fournit des outils pour l'analyse et le traitement de données biologiques, y compris la génération de rapports d'analyse et l'intégration avec des workflows de bioinformatique.

Projet en mode projet dédié à l'UE PE boinfo en L3 info, axé sur la récupération et l'analyse de données biologiques, avec un objectif de prédiction de sites de fixation de facteurs de transcription. Les étudiants apprennent les notions nécessaires en bioinformatique et en biologie au fur et à mesure du développement du projet.

Ce projet vise à fournir une plateforme centralisée pour la formation en nanopore en Amérique latine. Il comprend des présentations, des documents, des protocoles et des carnets de notes bioinformatiques pour aider les chercheurs et les professionnels de la santé à comprendre et à utiliser cette technologie émergente.