Outil dédié à l'analyse et au traitement de données génomiques. Il permet d'extraire et de calculer la longueur des gènes à partir de fichiers GTF, facilitant ainsi les études en bioinformatique et génétique. Ce projet s'adresse principalement aux chercheurs et biologistes travaillant sur des séquences d'ADN.

DemoSEQ est un ensemble d'outils en Python 2.7 permettant de calculer des statistiques de résumé pour des données de séquençage de génomes entiers. Ces statistiques peuvent être utilisées pour inférer l'histoire démographique de populations à partir de ces données. Le projet contient des scripts pour calculer des statistiques telles que l'hétérozygotie attendue, la D de Tajima, la proportion de sites segregants, la diversité haplotypique moyenne sur 50 kb, le spectre de fréquence des sites, la liaison déséquilibrée et la longueur des tracts identiques par état.

FQreport est un outil en ligne de commande conçu pour analyser des fichiers FASTQ issus du séquençage haut débit. Il calcule et génère des statistiques descriptives essentielles comme le nombre de lectures et de bases, la distribution des longueurs de lectures, la fréquence des nucléotides par position, ainsi que les scores de qualité Phred et leurs quartiles. L'outil permet d'évaluer la qualité des données génomiques et d'identifier d'éventuelles erreurs de séquençage, facilitant ainsi l'interprétation des résultats pour les chercheurs en biologie moléculaire.

Ce projet est une extension MapStore2 pour le visualiseur de données géospatiales geOrchestra, qui permet de générer et visualiser des profils en longueur basés sur des géométries sélectionnées ou importées. Les profils en longueur sont calculés à l'aide d'un service WPS et peuvent être exportés au format CSV.