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Pertinence
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- DemoSEQ est un ensemble d'outils en Python 2.7 permettant de calculer des statistiques de résumé pour des données de séquençage de génomes entiers. Ces statistiques peuvent être utilisées pour inférer l'histoire démographique de populations à partir de ces données. Le projet contient des scripts pour calculer des statistiques telles que l'hétérozygotie attendue, la D de Tajima, la proportion de sites segregants, la diversité haplotypique moyenne sur 50 kb, le spectre de fréquence des sites, la liaison déséquilibrée et la longueur des tracts identiques par état.
- Ce projet concerne l'analyse de données génomiques de trois espèces de poissons méditerranéens : mullus surmuletus, diplodus sargus et serranus cabrilla. Il comprend des scripts et des outils pour le filtrage des données SNPs, la description des SNPs sur le génome, le calcul de la distance moyenne entre les SNPs et le comptage des SNPs situés dans ou en dehors des régions codantes et mitochondriales.
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