JPanda est une librairie Java dédiée à la manipulation et à l'analyse de données structurées sous forme de dataframes. Elle permet de charger, visualiser et transformer des données issues de fichiers CSV ou de tableaux en mémoire. Les utilisateurs peuvent effectuer des sélections, des calculs statistiques, des groupements et des agrégations pour extraire des informations pertinentes. L'outil est particulièrement adapté aux développeurs et data scientists souhaitant automatiser des traitements de données sans recourir à des solutions lourdes.

FQreport est un outil en ligne de commande conçu pour analyser des fichiers FASTQ issus du séquençage haut débit. Il calcule et génère des statistiques descriptives essentielles comme le nombre de lectures et de bases, la distribution des longueurs de lectures, la fréquence des nucléotides par position, ainsi que les scores de qualité Phred et leurs quartiles. L'outil permet d'évaluer la qualité des données génomiques et d'identifier d'éventuelles erreurs de séquençage, facilitant ainsi l'interprétation des résultats pour les chercheurs en biologie moléculaire.

Melissa est un framework open source conçu pour optimiser les analyses de sensibilité et l'entraînement de modèles de deep learning à très grande échelle sur supercalculateurs. Il élimine le besoin de stocker des fichiers intermédiaires en traitant les données en transit, permettant ainsi de gérer des études impliquant des milliers de simulations parallèles sans surcharge de stockage. Le système coordonne des simulations numériques, des calculs statistiques et des entraînements de réseaux de neurones de manière efficace et résiliente.

Ce projet est un serveur de périphérique Tango dédié à l'analyse de spectres électroniques. Il calcule des spectres d'électrons à partir d'images capturées par une ou deux caméras, en utilisant des fichiers de configuration contenant des lois de dispersion ou des cartes de champ. Il génère des tableaux d'images de spectres, des profils spectraux et des quantités statistiques comme l'énergie médiane, moyenne et l'écart-type. Il permet également la détection de pics et l'ajustement de courbes.

Ce service propose un serveur RStudio accessible via navigateur web, dédié à l'analyse bioinformatique et au calcul statistique. Il permet aux utilisateurs de déployer leur propre instance R avec des packages standards et des outils de visualisation intégrés. L'environnement est personnalisable via des fichiers de configuration ou des dépôts Git, et peut être adapté pour des besoins spécifiques en bioinformatique ou en intelligence artificielle.

Panacus est un outil dédié à l'analyse statistique de fichiers GFA, principalement utilisés en génomique pour représenter des graphes de pangenomes. Il permet de calculer des histogrammes de couverture, des statistiques de croissance du pangénome et des tableaux de couverture résolus par groupe ou par chemin. Son utilisation est particulièrement adaptée aux graphes non chevauchants où les liens entre segments sont bien définis.

Ce projet permet de calculer des statistiques quantitatives sur des fichiers ELAN, sans nécessiter l'utilisation du logiciel ELAN. Il est développé en Python et utilise des bibliothèques telles que Pandas et Openpyxl pour le traitement des données.

Ce plugin pour le logiciel Icy permet d'analyser et visualiser l'évolution de l'intensité lumineuse dans des régions d'intérêt (ROIs) au fil du temps. Il calcule automatiquement des statistiques comme la moyenne, la médiane, la variance ou l'intensité totale pour chaque canal d'image. Les résultats sont affichés dans une interface dédiée et peuvent être exportés vers des fichiers Excel pour une analyse ultérieure. L'outil est particulièrement utile pour étudier des phénomènes biologiques dans des images de microscopie.

Ce projet est un module de formation à R, dédié à l'apprentissage du fonctionnement du logiciel, de sa dimension modulaire, de son interface graphique, et à l'importation de fichiers CSV pour réaliser des calculs statistiques simples.

Ce pipeline Snakemake calcule des statistiques de couverture pour les gènes dans une liste de génomes, à partir d'une liste de fichiers BAM indexés.