ANOMALY est un workflow R simple et personnalisable pour l'analyse de communautés microbiennes. Il utilise le niveau ASV pour la caractérisation des communautés et intègre toutes les ressources des méthodes actuelles telles que le suivi des séquences, la décontamination, l'annotation taxonomique fusionnée, les tests statistiques et l'analyse différentielle croisée validée.

Ce simulateur calcule les masses possibles d'une séquence peptidique en prenant en compte toutes les combinaisons possibles de modifications post-traductionnelles (PTMs). Il permet d'optimiser l'identification des PTMs dans les spectrométries de masse et facilite la caractérisation des protéines.

RANOMALY est un package R dédié à l'analyse de la diversité microbienne. Il permet de traiter et d'interpréter des données issues de séquençage à haut débit, en particulier pour les gènes 16S et ITS. Il intègre des méthodes statistiques avancées et des algorithmes d'apprentissage automatique pour détecter et caractériser les espèces microbiennes présentes dans un échantillon.

IsbpFinder est un script Perl dédié à la conception de marqueurs ISBP (Insertion Site Based Polymorphism) pour l'amplification de jonctions entre éléments transposables dans des génomes de plantes. Il permet la création de caractéristiques représentant des primers/amplicons couvrant la jonction entre deux éléments transposables, offrant ainsi une vue graphique des différents marqueurs conçus via un logiciel d'annotation de séquences tel qu'Artemis.

BioAutoMATED est une plateforme d'apprentissage automatique (AutoML) dédiée à l'analyse de séquences biologiques. Elle intègre plusieurs méthodes AutoML dans un cadre unifié, offrant aux utilisateurs des techniques pertinentes pour l'analyse, l'interprétation et la conception de séquences biologiques. BioAutoMATED permet de prédire la régulation des gènes, les interactions peptide-médicament et l'annotation des glycanes avec une performance comparable à celle de modèles manuellement ajustés, mettant en évidence les caractéristiques séquentielles saillantes. En automatisant la modélisation des séquences, BioAutoMATED permet aux scientifiques de la vie de plus facilement intégrer l'apprentissage machine dans leur travail.

RNARedPrint est un outil de conception d'ARN qui utilise la bibliothèque Infrared pour effectuer un échantillonnage de Boltzmann multi-dimensionnel de séquences pour des instances de conception d'ARN multi-cibles. Il calcule les dépendances, construit et remplit l'arbre de clusters pour Infrared. Il génère des échantillons et rapporte éventuellement des caractéristiques des séquences échantillonnées avec le support du module Infrared.

Kb est un workflow pour le pré-traitement des données de séquençage d'ARN unicellulaire. Le pré-traitement des données de séquençage d'ARN unicellulaire implique l'association des lectures avec leurs cellules d'origine, le regroupement des lectures en fonction des identifiants moléculaires uniques (UMIs) et la génération de comptages de gènes ou de caractéristiques à partir des lectures pour générer une matrice cellule x gène.

BIOCOM-PIPE est une pipeline d'analyse de métagénomique conçue pour caractériser les communautés microbiennes et étudier la diversité microbienne dans différents écosystèmes. Elle permet la reconstruction de génomes bactériens et fournit une analyse approfondie des données de séquençage.