Ce projet propose des données de séquençage ARN unicellulaire (scRNA-Seq) traitées et normalisées issues de quatre jeux de données publiés dans une étude scientifique. Les fichiers incluent des annotations cellulaires, des comptages bruts et normalisés, ainsi que des données corrigées pour les biais de batch. Ces ressources sont destinées à faciliter l'analyse et la comparaison des profils d'expression génique entre différentes conditions expérimentales.

Ce projet vise à améliorer l'assemblage génomique de la petite mulette, une espèce d'eau douce en déclin, en utilisant des données de séquençage PacBio et Hi-C. L'objectif est de reconstruire un génome de référence à l'échelle chromosomique pour étudier les trajectoires démographiques d'espèces modèles et en déclin, afin d'éclairer les stratégies de conservation. Les analyses incluent le nettoyage des données, l'évaluation de la qualité des assemblages et la comparaison de méthodes de scaffolding.

Outil dédié à l'analyse approfondie de données issues du séquençage RNA (RnaSeq). Il permet aux chercheurs et biologistes d'interpréter les résultats de séquençage en générant des rapports détaillés sur l'expression des gènes. Le script facilite la comparaison entre différents échantillons et génotypes, aidant ainsi à identifier des variations biologiques ou des réponses à des traitements.

Whatshap est un outil en développement permettant de gérer et visualiser des variations génomiques. Il facilite la résolution de conflits dans les comparaisons génomiques et permet l'intégration de données de séquençage génomique.

Samtools est un ensemble d'outils conçus pour gérer et analyser les fichiers SAM, BAM et CRAM, largement utilisés dans le traitement des données de séquençage génomique. Il permet de visualiser, filtrer et trier ces données, ainsi que de réaliser différents types de calculs et de comparaisons.

CIsoP v3 est un pipeline bioinformatique conçu pour analyser et annoter les variants structurels (SV) dans les données de séquençage génomique. Il permet d'identifier les SV partagés entre individus d'une même famille, d'ajouter des annotations de fréquence allélique issues de GnomAD, et de générer des fichiers VCF pour chaque groupe de liaison identifié. L'outil prend en compte les intervalles de confiance des points de rupture des SV pour améliorer la précision des comparaisons.

Le projet nanocomp est un outil de bioinformatique permettant l'analyse et la comparaison de données de séquençage Oxford Nanopore. Il est basé sur un conteneur Singularity et utilise Miniconda3 pour la gestion des paquets.