Whatshap est un outil en développement permettant de gérer et visualiser des variations génomiques. Il facilite la résolution de conflits dans les comparaisons génomiques et permet l'intégration de données de séquençage génomique.

Gatb-rconnector est un outil bio-informatique permettant l'analyse de données génomiques. Il permet la comparaison de séquences d'ADN et l'indexation de génomes de référence, facilitant ainsi la recherche de similarités entre séquences. Cet outil est basé sur une approche probabiliste et permet une utilisation efficace des ressources.

Le projet atelier_inference_reseaux permet l'analyse et l'inférence de réseaux biologiques à partir de données génomiques. Il offre des fonctionnalités de visualisation et de comparaison de réseaux, ainsi que des outils pour faciliter l'interprétation des résultats.

GenoLayout est un programme en ligne de commande écrit en Bash permettant de créer des figures SVG représentant des cartes linéaires de fragments conservés entre génomes. Il s'appuie sur des outils tels que gawk et blast+ pour le traitement et la comparaison des séquences.

Le projet pbrfrtuning est une application Shiny permettant l'analyse et la visualisation de données biologiques, en particulier de données génomiques. Il offre des fonctionnalités de comparaison et de visualisation de ces données à l'aide de graphiques interactifs et dynamiques.

Samtools est un ensemble d'outils conçus pour gérer et analyser les fichiers SAM, BAM et CRAM, largement utilisés dans le traitement des données de séquençage génomique. Il permet de visualiser, filtrer et trier ces données, ainsi que de réaliser différents types de calculs et de comparaisons.

D-GENIES est un outil d'analyse de génomes permettant la comparaison de séquences et la visualisation d'alignements de génomes entiers. Il est basé sur le logiciel minimap2 et offre une interface interactive pour zoomer et télécharger différents fichiers d'image, d'alignement ou de séquences. D-GENIES est open source et disponible en installation locale.

Ce projet consiste en l'analyse du génome de la levure Lachancea fermentati CBS 6772. Il permet la recherche de gènes spécifiques et la comparaison du génome avec d'autres souches de levure. Les données sources proviennent du European Nucleotide Archive (ENA) et les assemblies et annotations ont été soumises par un chercheur inconnu.

GenomOrder est un pipeline Nextflow qui réorganise et renomme les scaffolds à partir de jusqu'à 5 assemblages en utilisant une référence. Il est également capable de produire des fichiers de sauvegarde D-Genies permettant une comparaison visuelle rapide des chromosomes des assemblages par rapport à la référence. Ces fichiers peuvent être téléchargés et visualisés avec l'outil en ligne D-Genies.