GenomOrder est un pipeline Nextflow qui réorganise et renomme les scaffolds à partir de jusqu'à 5 assemblages en utilisant une référence. Il est également capable de produire des fichiers de sauvegarde D-Genies permettant une comparaison visuelle rapide des chromosomes des assemblages par rapport à la référence. Ces fichiers peuvent être téléchargés et visualisés avec l'outil en ligne D-Genies.