Nf-ribolace est un pipeline bioinformatique conçu pour analyser les données de profilage ribosomique générées avec la technologie RiboLace. Il permet de traiter des fichiers FASTQ issus de séquençage, d'effectuer des étapes de contrôle qualité, de découpage des séquences, d'alignement sur un génome de référence et de déduplication. Le pipeline produit un rapport de qualité complet pour évaluer la qualité des données à chaque étape du traitement.

Pipeline bioinformatique conçu pour traiter des données ATAC-seq en paire chez l'humain. Il permet d'effectuer un contrôle qualité des échantillons, l'alignement des séquences, l'appel de pics pour identifier les régions d'ADN ouvert, et la génération d'un hub pour visualiser les résultats sur le navigateur génomique UCSC. Le pipeline intègre également des outils d'annotation des pics et produit un rapport multiQC pour évaluer la qualité des données.

Fastp est un outil bio-informatique permettant le prétraitement de données génomiques au format FASTQ. Il offre des fonctionnalités complètes telles que le contrôle qualité, la suppression d'adaptateurs, le recoupement, le filtrage et le tri des séquences.

Ce pipeline snakemake permet le traitement de données ATAC-seq en vue de l'analyse de régions fonctionnelles dans le génome. Il comprend des étapes de contrôle qualité, d'alignement sur le génome de référence, de filtrage des séquences, d'appel de pics et de visualisation sur le navigateur UCSC.

Ce projet propose un workflow automatisé pour l'assemblage de génomes à partir de données de séquençage PacBio HiFi. Il permet de générer des assemblages haplotypiques complets, d'évaluer leur qualité et de produire des rapports détaillés. Les outils intégrés couvrent la préparation des données, l'assemblage, le contrôle qualité et la visualisation des résultats, adaptés aux besoins de la recherche génomique et de la bioinformatique.

Outil dédié à l'analyse et au contrôle qualité des données issues du séquençage nanopore. MONAqc permet de traiter simultanément plusieurs runs de séquençage, en générant des rapports comparatifs et des visualisations interactives. Il facilite l'évaluation des performances des échantillons et l'identification des anomalies, optimisant ainsi les processus de recherche et de diagnostic en génomique.