Outil conçu pour tester et comparer différentes estimations de population mondiale dans le cadre de modèles épidémiologiques. Il génère des fichiers de données et de paramètres adaptables à SatScan (modèle de Poisson) pour évaluer la sensibilité des résultats. Utilisé lors d'une école de recherche, il permet de simuler des scénarios de santé publique et d'analyser leur robustesse en fonction des données disponibles.

Starphylo est un pipeline bioinformatique conçu pour analyser des séquences génomiques de virus et estimer des paramètres épidémiologiques clés comme le taux de reproduction (R0) ou le taux de retrait des individus infectés. Il permet d'étudier des virus comme le SARS-CoV-2, la grippe ou le VRS, en combinant des approches bayésiennes, de maximum de vraisemblance et d'apprentissage profond pour fournir des analyses robustes et adaptées aux besoins de surveillance épidémiologique.

COVflow est un pipeline bioinformatique dédié à l'analyse phylogénétique et phylodynamique des séquences génomiques du SARS-CoV-2. Il permet de filtrer, aligner et masquer les sites des données génomiques, de construire et d'évaluer des arbres phylogénétiques, puis de générer des fichiers XML prêts à l'emploi pour des analyses phylodynamiques avancées avec BEAST2. L'outil facilite l'étude de la dynamique de transmission du virus et l'estimation de paramètres épidémiologiques clés.

Ce projet développe des outils pour modéliser la dynamique virale intra-vectorielle des arbovirus et effectuer des inférences statistiques. Il permet d'estimer des paramètres épidémiologiques et de comparer différents modèles pour comprendre la transmission des virus. Les résultats sont utilisés pour éclairer les décisions en santé publique et la recherche sur les maladies vectorielles.

Ce projet fournit des outils pour l'analyse et la prévision de l'épidémie de COVID-19 en Guyane. Il permet d'estimer des paramètres épidémiologiques tels que le taux de reproduction de base (R0) et le taux d'hospitalisation, en utilisant des données sur les admissions à l'hôpital et en soins intensifs. Le projet fournit également des projections de l'évolution de l'épidémie en fonction de différents scénarios.