Le package gatk4 version 4.1.9.0 est un ensemble d'outils en ligne de commande pour l'analyse de données de séquençage haut débit, avec un accent particulier sur la découverte de variantes. Les outils peuvent être utilisés individuellement ou enchaînés dans des workflows complets. L'installation du package est effectuée via Miniconda3 V4.7.12, et les exécutables sont disponibles dans /opt/miniconda/bin et dans le PATH. Un conteneur Singularity est également disponible pour faciliter le déploiement et l'exécution de l'outil.

Outil permettant de définir et d'exécuter des workflows de traitement de données, en orchestrant des tâches dépendantes les unes des autres sur une variété de plateformes de backend.

Le projet gitlab-runner est un outil d'automatisation de build, de test et de déploiement d'applications. Il s'agit d'un runner (exécutant) pour GitLab qui permet d'exécuter des pipelines GitLab CI/CD. Il est utilisé pour automatiser les workflows de développement logiciel, tels que les builds, les tests et les déploiements, en exécutant des scripts définis dans des fichiers de configuration.

Outflow est un framework permettant de construire et d'exécuter des workflows de tâches. L'API est simple tout en offrant un contrôle complet sur la définition et l'exécution des workflows. Il prend en charge l'exécution parallélisée et distribuée, dispose d'une interface de ligne de commande centralisée pour les commandes de pipeline, d'un accès intégré à une base de données avec des modèles SQLAlchemy et des migrations Alembic, d'un enregistrement des exécutions et des exceptions pour la traçabilité, ainsi que des vérifications strictes de type et d'entrée/sortie pour un pipeline robuste.

Module Workflow Appointement ANTS intègre un client REST à travers deux tâches du workflow : l'ajout et la suppression de rendez-vous dans la base de données ANTS, optimisant ainsi la gestion des rendez-vous. Lors de l'exécution d'une tâche pour un rendez-vous, les numéros d'application ANTS associés à ce rendez-vous sont récupérés et utilisés pour gérer les données dans la base de données ANTS.

BiSePSGUI est une application de bureau permettant d'analyser des données de séquençage de bisulfite entier de génome. Il s'agit d'une application Mongodb/express/React/Nodejs bundlée avec webpack et empaquetée dans une application de bureau à l'aide d'Electron. Il exécute un pipeline snakemake localement ou sur des machines distantes via des informations d'identification ssh. Il dépend de git et de Conda pour la gestion des workflows et des dépendances. Il prend en charge l'exécution sur des clusters SLURM.

Ce projet permet de gérer des réservations de ressources limitées via un formulaire associé à un workflow. Les tâches de workflow peuvent être configurées pour s'exécuter automatiquement ou manuellement, et le formulaire est désactivé lorsque le quota maximal est atteint. L'administrateur peut modifier le quota à tout moment.

Ce projet est une formation sur l'utilisation de Nextflow et nf-core pour l'analyse de données biologiques. Il fournit des pipelines de best-practice pour différentes applications telles que RNAseq, BSseq, Hi-C, annotation, etc. Le projet est basé sur Nextflow, qui est un langage de programmation conçu pour gérer les workflows informatiques et un logiciel qui peut exécuter un workflow sur n'importe quelle infrastructure. Il permet une exécution évolutive et reproductible des workflows scientifiques en emballant toutes les dépendances logicielles dans des conteneurs.

Transport-ops est un projet regroupant des scripts et fichiers de configuration dédiés au déploiement et à la gestion de services de transport. Il permet de gérer les mises à jour de code, de créer des releases sous forme d'images Docker et d'assurer la sécurité des releases existantes grâce à des fonctionnalités de ré-exécution de workflows et de gestion de tags.

Ce projet vise à créer une base de données d'images de simulation pour le modèle SPE11B de l'OPM. Il utilise des outils tels que Damaris, OPM flow, HyperQueue et Ascent pour gérer et exécuter des workflows de simulations, et consolider les résultats dans des fichiers tar.gz.