RNAja est un pipeline bioinformatique conçu pour analyser des données de séquençage ARN (RNAseq). Il permet d'effectuer des analyses d'expression différentielle des gènes et de générer des rapports automatisés au format Rmarkdown. Le pipeline est optimisé pour une intégration fluide avec des bases de données spécialisées comme diffexDB, facilitant ainsi la recherche en biologie moléculaire et génomique.

Ce pipeline automatisé permet d'analyser des données de séquençage RNAseq pour identifier les gènes exprimés de manière différentielle entre des échantillons biologiques. Il traite des données brutes issues de séquenceurs Illumina HiSeq, nettoie les séquences, aligne les lectures sur un génome de référence, compte les caractéristiques génomiques et détecte les gènes dont l'expression varie significativement. Utilisé principalement en recherche biomédicale et en génomique fonctionnelle.

Librairie Python facilitant l'utilisation de DESeq2, un outil d'analyse différentielle pour les données de séquençage haut débit. Elle permet aux chercheurs en biologie moléculaire d'effectuer des analyses statistiques robustes sur des données d'expression génique, notamment pour comparer des conditions expérimentales et identifier des gènes différentiellement exprimés.

RNAja est un pipeline écrit en snakemake permettant d'analyser des données RNAseq, de réaliser des analyses différentielles d'expression en utilisant plusieurs mappeurs et compteurs. RNAja est le seul pipeline capable de comparer les effets des méthodes sur les gènes différentiellement exprimés.

Ce projet analyse les données RNA-seq pour détecter les variations d'expression génique et identifier les gènes différentiellement exprimés. Il fournit des visualisations pour aider à comprendre les résultats.

Outil d'analyse de données RNAseq comprenant des notebooks pour la primary et secondary analysis, l'annotation fonctionnelle et la gestion de pipelines avec Snakemake. Permet l'analyse de données d'expression génique et l'identification de gènes différentiellement exprimés.

RNAja est un pipeline écrit en snakemake destiné à l'analyse de données RNAseq, à la réalisation d'une analyse différentielle d'expression et à la génération d'un rapport au format Rmarkdown. Les résultats sont compatibles avec la base de données diffexDB.

Pipeline permettant d'analyser l'expression génique et la spécificité de l'expression génique des organites (C-to-U édition de l'ARN, épissage et traitement) à partir des données RNAseq. Il effectue des étapes de cartographie et de comptage et une analyse différentielle pour l'expression génique, l'épissage et l'édition.

Treediff est un projet dédié à l'analyse de données de séquençage à haut débit, offrant des fonctionnalités d'analyse différentielle d'expression génique et de visualisation de données. Il permet aux chercheurs en biologie de mieux comprendre les mécanismes moléculaires à l'œuvre dans les systèmes biologiques.

MANA est un outil d'analyse et de modélisation dédié à l'identification assistée des mécanismes d'action métabolique. Il permet de construire des modèles de réseaux métaboliques spécifiques à partir de données d'expression génique, d'identifier les réactions métaboliques différentiellement activées, et d'extraire des sous-réseaux minimaux représentatifs des mécanismes d'action de composés chimiques. L'outil facilite la compréhension des effets métaboliques induits par des expositions chimiques.