Ce projet concerne l'analyse de données génomiques de trois espèces de poissons méditerranéens : mullus surmuletus, diplodus sargus et serranus cabrilla. Il comprend des scripts et des outils pour le filtrage des données SNPs, la description des SNPs sur le génome, le calcul de la distance moyenne entre les SNPs et le comptage des SNPs situés dans ou en dehors des régions codantes et mitochondriales.

Ce projet académique développe des outils pour le traitement et l'analyse de données génomiques, notamment le filtrage de reads potentiellement issus du SARS-CoV-2 et l'assemblage de génomes viraux. Il propose deux méthodes d'assemblage : une approche naïve et une méthode tenant compte des fréquences des nucléotides. Les résultats sont générés sous forme de fichiers structurés pour une analyse ultérieure en bioinformatique.

Outil dédié à l'annotation et au filtrage de variants génétiques (SNV) issus de séquençage génomique complet, spécialement conçu pour les études familiales. Il facilite l'analyse des données génomiques en intégrant des informations spécifiques aux tissus cardiaques et aux populations européennes. Le projet permet d'identifier des variants rares partagés au sein d'une famille, en tenant compte des hypothèses de transmission génétique et des données de contrôle.

Outil dédié à l'assemblage de génomes à partir de données de séquençage. Il permet de reconstruire des séquences génomiques de référence en analysant des fichiers FASTA contenant des lectures. Le projet prend en charge les données avec ou sans erreurs de séquençage et propose des fonctionnalités comme le filtrage de k-mers et la création d'index pour faciliter l'analyse.

Filtlong est un outil en développement conçu pour faciliter le filtrage et le tri d'ensembles de données biologiques. Il permet de réduire la complexité des données de séquençage et d'améliorer l'efficacité des analyses de données génomiques.

Ce projet permet de traiter des données génomiques pour filtrer et assembler des séquences virales, notamment celles du SARS-CoV-2. Il automatise le filtrage des lectures génomiques et l'assemblage de génomes à partir de fichiers FASTQ et FASTA, facilitant ainsi l'analyse bioinformatique des données génomiques.

NOISYmputer est un outil spécialisé dans le traitement de données génomiques de type LC-NGS. Il permet d'imputer les données manquantes, de corriger les erreurs et de typer précisément les régions chromosomiques hétérozygotes. Basé sur des estimations de maximum de vraisemblance, il identifie également les points de recombinaison génétique, éliminant ainsi le besoin de pré-filtrage complexe des données bruitées.

Genome_aln est un workflow écrit en Nexflow dsl2, optimisé pour les ressources informatiques et destiné à être utilisé sur une ferme informatique avec un scheduler Slurm. Il permet le prétraitement de données de séquençage d'ADN, y compris le contrôle de la qualité et le retranchement des adaptateurs, l'alignement des lectures sur un génome de référence, le filtrage des lectures et la normalisation des fichiers bigWig.

SeqKit est un outil bioinformatique multiplateforme et ultra-rapide conçu pour manipuler des fichiers de séquences biologiques au format FASTA ou FASTQ. Il permet d'effectuer des opérations courantes comme le filtrage, le tri, la conversion ou l'extraction de séquences, facilitant ainsi l'analyse et le traitement de données génomiques à grande échelle.

BCFtools est un ensemble d'utilitaires permettant de manipuler des variants appelés en format VCF et BCF. Il permet d'effectuer diverses opérations telles que la conversion de fichiers VCF en BCF, le filtrage de variants génétiques et l'analyse de données génomiques.