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Pertinence
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- Le projet mth-grid est une bibliothèque de composants permettant d'afficher des données tabulaires avec des fonctionnalités avancées telles que le filtrage, le tri et la personnalisation de l'affichage. Il est basé sur Vue.js et Vuetify et offre une API simple pour intégrer facilement les composants dans une application.
- Seqkit est un outil en ligne de commande open-source et multiplateforme permettant la manipulation rapide et efficace de fichiers FASTA/Q. Il offre une grande variété de fonctionnalités pour l'analyse de données génomiques, telles que la recherche et l'extraction de séquences spécifiques, le filtrage, le tri, le regroupement et la fusion de fichiers.
- FLORA est un workflow FAIR et évolutif permettant l'analyse de données RNAseq du projet AMOCYST en utilisant des outils et des méthodes statistiques de pointe en transcriptomique pour effectuer des analyses reproductibles avec Nextflow. Le workflow commence par le traitement des lectures RNAseq brutes en utilisant Rcorrector pour la correction. Ensuite, les lectures non corrigées sont supprimées à l'aide d'un script Python. La contamination rRNA est également supprimée en utilisant Bowtie2 et la base de données SILVA avant un processus de filtrage de la qualité des lectures en utilisant Trim Galore. Enfin, l'assemblage du transcriptome est effectué en utilisant Trinity.
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