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Pertinence
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- Ce projet vise à comparer sept plateformes de séquençage, couvrant les technologies de deuxième génération à lecture courte (Illumina Hiseq300, DNBSEQ-G400, DNBSEQ-T7, Ion S5 et Ion Proton P1) et de troisième génération à lecture longue (Oxford Nanopore Technologies MinION et Pacific Biosciences PacBio). Trois communautés microbiennes synthétiques composées de jusqu'à 87 espèces microbiennes par mock et couvrant 29 phyla ont été utilisées pour l'évaluation. Les outils tels que fastp, AlienTrimmer, bowtie2, minimap2, SPAdes, metaFlye, metaquast et Python3 ont été utilisés pour le traitement et l'analyse des données.
- Notoriété 16 %Ce projet est un banc d'essai pour les transformations ATL (AtlanMod Transformation Language). Il sélectionne un sous-ensemble de transformations du zoo ATL en fonction de leur qualité et de leur utilisation dans des applications réelles. Il automatise l'exécution séquentielle de ce sous-ensemble et la génération de données d'analyse des performances.
- Kraken-Benchmark est une application Python partiellement basée sur Flask qui évalue les performances d'un modèle de transcription Kraken en fournissant des exemples de transcriptions parfaites. Les différentes métriques générées par Kraken-Benchmark sont affichées dans une application web sous forme de tableau de bord.
17 initiatives
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