Générateur de graphiques pour le projet Information Manipulation Analyzer, permettant d'afficher les citations et retweets d'un récit spécifique au cours des 7 derniers jours.

Générateur de graphes pour visualiser les liens entre les comptes twitter autour d'un mot-clé ou hashtag spécifique.

Tagada-specs est une bibliothèque dédiée à la description et à la génération de spécifications pour des algorithmes de chiffrement. Elle permet aux utilisateurs de modéliser des ciphers existants ou d'en implémenter de nouveaux via une API haut niveau. L'outil facilite la création de graphes de spécifications pour des chiffrements comme Rijndael, WARP ou Skinny, en fournissant des utilitaires pour décrire les étapes de transformation et les clés.

Ce projet permet d'explorer et d'analyser des données cinématographiques en utilisant des technologies sémantiques. Il offre une interface pour visualiser des graphes de connaissances, interroger des bases de données RDF via SPARQL, et structurer des schémas de données. L'application web permet de consulter des informations sur des films et de générer des requêtes personnalisées pour extraire des données spécifiques depuis un graphe sémantique.

Ce projet propose un benchmark dédié à l'argumentation logique, incluant des graphes d'argumentation générés à partir de bases de connaissances exprimées en règles existentielles. Il met à disposition trois ensembles d'instances (petites, moyennes et grandes) pour évaluer et comparer des frameworks d'argumentation. Les graphes générés possèdent des propriétés structurelles spécifiques, détaillées dans des publications associées.

Metabograph est une bibliothèque Python conçue pour générer des réseaux métaboliques à partir de données BioPAX, notamment issues de la base Reactome. Elle permet de créer des graphes de voies biologiques pour des espèces spécifiques, facilitant ainsi l'analyse et la visualisation des interactions moléculaires. Les graphes générés peuvent être utilisés pour des applications variées comme l'entraînement de réseaux de neurones graphiques ou l'export vers des outils de visualisation comme Gephi.

Ce projet permet d'extraire et d'analyser des données génomiques à partir de graphes de pangenome (GFA). Il facilite l'identification des nœuds spécifiques à des haplotypes, la génération de matrices de présence/absence, et la conversion de formats pour des analyses comparatives. Les outils intégrés permettent de manipuler des régions génomiques ciblées et de produire des fichiers VCF pour étudier les variations entre individus ou populations.

Ce projet automatise l'extraction de triplets RDF à partir de données archéologiques structurées en utilisant des modèles de langage (LLM) et l'ontologie CIDOC CRM. Il facilite la création de graphes de connaissances archéologiques en combinant des données spécifiques au domaine avec des stratégies de prompting avancées. Développé dans le cadre du projet ANR Digitalis, il propose trois approches pour générer des triplets sémantiques précis et adaptés aux besoins de l'archéologie.

BioGITOM est un système spécialisé dans l'alignement d'ontologies biomédicales, essentielles pour organiser et standardiser les connaissances médicales. Il combine des embeddings sémantiques spécifiques au domaine avec des caractéristiques structurelles issues d'un modèle hybride (Graph Isomorphism Transformer). Cette approche permet de générer des représentations précises des concepts et d'améliorer l'intégration des données entre différentes ontologies, facilitant ainsi la recherche et l'analyse en santé.

Libhts est une bibliothèque Python et un ensemble d'outils dédiés au traitement et à l'analyse de données issues du séquençage haut débit. Elle permet aux chercheurs et bioinformaticiens de manipuler, convertir et visualiser des données génomiques complexes comme les fichiers BAM ou BigWig. L'outil facilite l'extraction de régions spécifiques, la génération de visualisations graphiques et l'automatisation de workflows pour des analyses génomiques avancées.