S-GCN est un outil d'intelligence artificielle conçu pour évaluer et prédire la qualité de modèles 3D de protéines. Il utilise des réseaux de convolution graphiques sphériques pour analyser les structures moléculaires et générer des scores de qualité locaux et globaux. Basé sur des données issues de défis comme CASP, il aide les chercheurs en biologie structurale à identifier les modèles les plus fiables et à améliorer la précision des prédictions.

S-GCN est un outil spécialisé dans l'analyse et l'évaluation de structures protéiques en 3D modélisées sous forme de graphes moléculaires. Il permet de prédire des scores de qualité pour des modèles de protéines générés par des algorithmes ou des participants à des défis comme CASP. Le projet facilite la comparaison entre modèles et structures réelles, aidant ainsi les chercheurs en biologie structurale à identifier les conformations les plus proches de la réalité.

Metabograph est une bibliothèque Python conçue pour générer des réseaux métaboliques à partir de données BioPAX, notamment issues de la base Reactome. Elle permet de créer des graphes de voies biologiques pour des espèces spécifiques, facilitant ainsi l'analyse et la visualisation des interactions moléculaires. Les graphes générés peuvent être utilisés pour des applications variées comme l'entraînement de réseaux de neurones graphiques ou l'export vers des outils de visualisation comme Gephi.

Slitherine est un outil bioinformatique conçu pour identifier et analyser les différences significatives entre deux matrices de contact génomique. Il permet aux chercheurs en biologie moléculaire de comparer des données expérimentales, comme celles issues de l'étude de la structure 3D du génome, afin de mettre en évidence des variations entre conditions biologiques. Le projet génère des rapports détaillés, des visualisations graphiques et des fichiers de sortie exploitables pour des analyses approfondies.

Outil dédié à la création de kymographes pour analyser les mouvements de régions d'intérêt dans des séquences d'images, notamment dans le cadre de l'étude du développement biologique. Il permet de tracer des rectangles sur des images ou vidéos, puis de générer une représentation graphique de l'évolution temporelle de l'intensité lumineuse le long d'un axe. Utilisé principalement en recherche biomédicale pour visualiser des dynamiques cellulaires ou moléculaires.

CRAW (Counter RNAseq Window) est un outil bioinformatique conçu pour calculer et visualiser la couverture des expériences de séquençage ARN. Il permet d'analyser des données génomiques à partir de fichiers BAM ou WIG, en générant des rapports détaillés et des visualisations graphiques. L'outil facilite l'interprétation des données de séquençage en fournissant des métriques de couverture position par position, adaptées aux besoins de la recherche en biologie moléculaire et génomique.

4polarSTORM est un logiciel dédié à l'analyse et à la visualisation de l'orientation moléculaire dans l'imagerie polarisée STORM super-résolution. Il permet d'estimer et de représenter graphiquement l'organisation des filaments d'actine dans les cellules, en utilisant des données de microscopie à super-résolution. L'outil génère des représentations visuelles sous forme de bâtonnets colorés, superposés à des images de super-résolution, facilitant l'interprétation des résultats pour les chercheurs en biologie cellulaire.

JFree Chart est une bibliothèque dédiée à la création et à la visualisation de graphiques dans le domaine de l'analyse d'images biologiques. Intégrée au logiciel Icy, elle permet aux chercheurs et scientifiques de générer des représentations graphiques précises et personnalisables pour leurs données expérimentales. Utilisée principalement en imagerie médicale et biologique, elle facilite l'interprétation visuelle des résultats et soutient les travaux de recherche en biologie cellulaire et moléculaire.

NMFProfiler est un outil dédié à l'intégration de données multi-omiques pour des échantillons organisés en groupes. Il permet d'identifier et de visualiser des signatures moléculaires distinctes entre les groupes, facilitant ainsi l'analyse comparative des profils biologiques. L'outil génère des matrices de contribution et des visualisations graphiques pour interpréter les résultats, aidant les chercheurs à comprendre les différences sous-jacentes entre les échantillons.

Outil d'analyse bioinformatique permettant d'aligner des séquences biologiques (ADN, ARN, protéines) pour identifier leurs similarités. Il génère des graphiques et des fichiers de sortie pour visualiser les relations entre séquences, facilitant ainsi la comparaison de génomes ou de protéines. Idéal pour la recherche en biologie moléculaire ou en génomique.