Ce projet fournit des modèles cellulaires spécifiques générés dans le cadre du projet GOLIATH. Il inclut des modèles pour les adipocytes, les hépatocytes et les cellules pancréatiques, ainsi qu'un modèle humain de base. Ces modèles, au format SBML, permettent d'étudier les réseaux métaboliques et d'analyser les réactions biochimiques à l'échelle cellulaire. Ils sont utilisés pour la recherche en biologie systémique et la simulation de processus biologiques.

Ce projet contient des modèles métaboliques de cellules spécifiques au format SBML, générés pour le projet GOLIATH. Il comprend des modèles pour les adipocytes, les hépatocytes et les cellules bêta-pancréatiques, ainsi qu'un modèle de référence humain.

OCMMED est un outil permettant l'obtention de modèles métaboliques cellulaires spécifiques grâce à l'énumération avec DEXOM. Il prend en entrée un réseau métabolique et des données transcriptomiques, et génère un modèle métabolique contextuel en maximisant les réactions actives avec des poids positifs et les réactions inactives avec des poids négatifs.

Meroom est un outil bioinformatique conçu pour reconstruire des modèles métaboliques à partir de références existantes et de liens d'orthologie. Il permet de générer plusieurs nouveaux modèles métaboliques en exploitant des données de réseaux métaboliques de référence et des correspondances d'orthologie entre organismes. L'outil facilite l'analyse comparative et la propagation de réactions enzymatiques entre espèces, aidant ainsi à la compréhension des voies métaboliques et à l'annotation fonctionnelle.

SnakeCarveMe est un pipeline Snakemake qui utilise CarveMe pour construire des modèles métaboliques à l'échelle génomique pour des espèces bactériennes et des communautés microbiennes. Il s'appuie sur une approche top-down et peut être utilisé pour générer des modèles pour une liste de modèles SBML.