RNAsig est un pipeline bioinformatique dédié à l'identification des signatures ARN sur les récepteurs RIG-I-like (RLRs) lors d'infections virales. Basé sur des analyses de séquençage haut débit, il permet de caractériser les ligands ARN spécifiques pour les récepteurs RIG-I, MDA5 et LGP2. L'outil facilite la compréhension des mécanismes de réponse immunitaire innée en comparant des échantillons totaux et enrichis, et génère des visualisations pour interpréter les données de couverture génomique.

GAZODUC est un pipeline bioinformatique développé pour l'analyse de données génomiques, notamment utilisé à l'Institut du Thorax à Nantes. Il permet de traiter des séquences génomiques en utilisant des outils comme Nextflow pour automatiser des workflows complexes. Le projet facilite la gestion de données issues de séquençage haut débit et génère des résultats exploitables pour la recherche médicale et génétique.

Ce projet fournit des wrappers pour Snakemake, un outil d'automatisation des workflows bioinformatiques. Il facilite le traitement et l'analyse de données de séquençage haut débit en standardisant les pipelines. Les wrappers permettent d'intégrer facilement des étapes comme le mappage sur un génome, le comptage de lectures ou la génération de statistiques. Le tout est conçu pour être réutilisable et modulaire, améliorant ainsi la reproductibilité et l'efficacité des analyses génomiques.

NanoComp est un outil bioinformatique conçu pour comparer les résultats de séquençage Oxford Nanopore et les alignements associés. Il permet aux chercheurs d'évaluer les performances de différents pipelines ou jeux de données, facilitant ainsi l'optimisation des analyses génomiques. L'outil génère des rapports visuels et statistiques pour aider à la prise de décision dans les projets de séquençage à haut débit.

Nf-ribolace est un pipeline bioinformatique conçu pour analyser les données de profilage ribosomique générées avec la technologie RiboLace. Il permet de traiter des fichiers FASTQ issus de séquençage, d'effectuer des étapes de contrôle qualité, de découpage des séquences, d'alignement sur un génome de référence et de déduplication. Le pipeline produit un rapport de qualité complet pour évaluer la qualité des données à chaque étape du traitement.

Ce projet fournit un workflow automatisé pour préparer des génomes avant l'analyse de données de séquençage haut débit. Il standardise les données génomiques en générant des fichiers de configuration adaptés aux pipelines d'analyse bioinformatique. Le workflow permet d'intégrer des références génomiques spécifiques et de produire des structures de données compatibles avec les outils d'analyse en aval. Il est conçu pour être utilisé dans des environnements de recherche biomédicale, notamment dans des laboratoires spécialisés en génomique.

Outil dédié à l'analyse et au traitement de données biologiques et génomiques. Permet aux chercheurs et biologistes de manipuler des fichiers de séquençage, automatiser des pipelines bioinformatiques et générer des rapports détaillés. Facilite l'interprétation des données génomiques pour des applications en recherche médicale ou agronomique.

Outil d'analyse bioinformatique dédié au traitement de données RNAseq. Il permet d'aligner des séquences d'ARN sur un génome de référence et de quantifier l'expression des gènes. Le pipeline automatise les étapes clés comme le prétraitement des données, l'alignement avec STAR et le comptage avec HTSeq-Count. Il génère des rapports détaillés pour évaluer la qualité des données et les résultats d'analyse.

Ce projet permet d'automatiser le traitement et l'analyse de données génomiques en mappant des séquences ADN sur un génome de référence. Il génère des résultats structurés pour comparer des jeux de données biologiques, facilitant ainsi la recherche en génomique et en bioinformatique. Les utilisateurs peuvent configurer des paramètres spécifiques pour adapter les analyses à leurs besoins.

ICEscreen est une pipeline bioinformatique permettant la détection et l'annotation d'ICEs (Integrative and Conjugative Elements) et d'IMEs (Integrative and Mobilizable Elements) dans des génomes de Bacillota. Il permet la détection de protéines signature d'ICEs et d'IMEs grâce à une recherche par similarité et la détection de protéines homologues distantes grâce à des profils HMM. Le pipeline groupe les protéines appartenant à la même structure ICE/IME et génère des tableaux récapitulatifs des ICEs et IMEs détectés.