Slitherine est un outil bioinformatique conçu pour identifier et analyser les différences significatives entre deux matrices de contact génomique. Il permet de comparer des données issues de séquençage haut débit, comme celles obtenues lors d'expériences de conformation chromosomique, afin de mettre en évidence des variations entre conditions biologiques. L'outil génère des rapports détaillés, des visualisations graphiques et des fichiers de résultats exploitables pour la recherche en génomique.

Outil bioinformatique conçu pour identifier et quantifier les introns retenus dans les assemblages de séquences RNA-seq. Il permet de détecter les introns non épissés qui peuvent perturber le cadre de lecture ouvert des protéines. Le projet inclut des modules de simulation pour valider la détection et mesurer les taux de faux positifs, ainsi que des outils pour analyser les alignements et générer des rapports détaillés.

Slitherine est un outil bioinformatique conçu pour identifier et analyser les différences significatives entre deux matrices de contact génomique. Il permet aux chercheurs en biologie moléculaire de comparer des données expérimentales, comme celles issues de l'étude de la structure 3D du génome, afin de mettre en évidence des variations entre conditions biologiques. Le projet génère des rapports détaillés, des visualisations graphiques et des fichiers de sortie exploitables pour des analyses approfondies.

Outil bioinformatique dédié à l'identification et à l'analyse des intégrons dans le génome des procaryotes. Il permet de traiter des données de séquençage (fichiers FASTQ) pour détecter des cassettes d'intégrons et générer des rapports détaillés incluant des figures et des statistiques. Utilisé principalement dans le cadre de recherches en microbiologie et génétique.

Outil d'analyse bioinformatique dédié au traitement de données RNAseq. Il permet d'aligner des séquences d'ARN sur un génome de référence et de quantifier l'expression des gènes. Le pipeline automatise les étapes clés comme le prétraitement des données, l'alignement avec STAR et le comptage avec HTSeq-Count. Il génère des rapports détaillés pour évaluer la qualité des données et les résultats d'analyse.

Pipeline bioinformatique automatisé conçu pour traiter des données ChIP-seq en simple extrémité chez l'humain. Il permet d'évaluer la qualité des échantillons, d'aligner les séquences, d'identifier les pics de liaison, et de générer des rapports détaillés. Le pipeline produit également des fichiers pour visualiser les résultats sur le navigateur génomique UCSC et inclut des métriques de qualité standardisées pour garantir la fiabilité des analyses.

Ce projet propose un workflow automatisé pour l'assemblage de génomes à partir de données de séquençage PacBio HiFi. Il permet de générer des assemblages haplotypiques complets, d'évaluer leur qualité et de produire des rapports détaillés. Les outils intégrés couvrent la préparation des données, l'assemblage, le contrôle qualité et la visualisation des résultats, adaptés aux besoins de la recherche génomique et de la bioinformatique.

CRAW (Counter RNAseq Window) est un outil bioinformatique conçu pour calculer et visualiser la couverture des expériences de séquençage ARN. Il permet d'analyser des données génomiques à partir de fichiers BAM ou WIG, en générant des rapports détaillés et des visualisations graphiques. L'outil facilite l'interprétation des données de séquençage en fournissant des métriques de couverture position par position, adaptées aux besoins de la recherche en biologie moléculaire et génomique.

Outil dédié à l'analyse et au traitement de données biologiques et génomiques. Permet aux chercheurs et biologistes de manipuler des fichiers de séquençage, automatiser des pipelines bioinformatiques et générer des rapports détaillés. Facilite l'interprétation des données génomiques pour des applications en recherche médicale ou agronomique.

Asm4pg est un workflow automatisé et reproductible dédié à l'assemblage de génomes pour des applications pangénomiques. Il utilise des données PacBio HiFi pour produire des assemblages primaires de haute qualité. Le pipeline prend en charge plusieurs modes (HiFi, Hi-C, trio, ONT) et génère des rapports détaillés incluant des statistiques d'assemblage et des évaluations de qualité. Il est conçu pour être utilisé par des chercheurs en génomique et des bioinformaticiens.