Pipeline de traitement de données de séquençage d'ADN en mode séquençage unique (Single-end) utilisant BWA pour l'alignement et GATK pour l'identification des variations génétiques. Il produit des rapports de qualité de séquençage et permet de filtrer les variations génétiques selon des critères prédéfinis.

Ce projet vise à analyser la diversité génétique des actinoptérygiens en utilisant la base de données BOLD et à visualiser leur répartition géographique. Il permet de corréler la diversité génétique avec la répartition géographique pour mieux comprendre les mécanismes de spéciation et d'évolution.

Beast est un outil d'analyse de données génétiques permettant d'inférer la taille de population au fil du temps et la dynamique démographique des populations. Il prend en entrée des fichiers de données génétiques et produit des visualisations et des résultats d'inférence sous forme de fichiers de sortie.

Le projet cnvmap est conçu pour la détection basée sur le liaison de variations du nombre de copies (CNV) à partir des données de ségrégation des marqueurs dans les populations de cartographie génétique. Il permet une analyse robuste et précise des CNV, ce qui est crucial pour la compréhension des mécanismes sous-jacents à la variabilité génétique et à la maladie.

Le projet dnabarcodecompatibility vise à garantir la compatibilité des codes-barres dans les applications de génétique, facilitant ainsi leur intégration dans les logiciels de bioinformatique. Il permet d'améliorer la précision des analyses génétiques en assurant des codes-barres fiables et efficaces.

Ce projet vise à étudier le trade-off entre les éléments génétiques mobiles intégratifs et extrachromosomiques, ainsi qu'à analyser l'expansion du domaine d'hôtes et la plasticité génétique. Il s'appuie sur des données complémentaires et un carnet Jupyter pour reproduire les résultats de l'étude.

MorphoNet est un navigateur web innovant permettant de visualiser et d'interagir avec des ensembles de données morphodynamiques complexes, avec des applications dans la recherche et l'enseignement. MorphoNet offre un large éventail d'interactions pour explorer la structure, la dynamique et la variabilité des formes biologiques et leur lien avec les expressions génétiques. En gérant une large gamme de données morphologiques naturelles ou simulées, il comble une lacune qui a jusqu'à présent limité la compréhension quantitative de la morphodynamique et de ses fondements génétiques en contribuant à la création d'atlas morphologiques toujours plus nombreux.

Ce projet contient des scripts et des données utilisés dans l'analyse et la visualisation de l'article « Trait selection strategy in multi-trait GWAS: Boosting SNPs discoverability ». Il permet d'évaluer les associations entre des traits cliniques et des variantes génétiques, de calculer les corrélations génétiques entre les traits, et d'estimer l'héritabilité de chaque trait.

Pggb est un pipeline de construction de graphes de pangenomes permettant de représenter les variations génétiques au sein d'une espèce. Il prend en entrée une collection de séquences et génère un graphe de pangenome dans le modèle de variation graph. Cet outil est particulièrement utile pour l'analyse comparative de génomes et la compréhension de la diversité génétique au sein d'une espèce.

Le projet spell-qtl est un outil d'analyse de données biologiques permettant la cartographie génétique et la recherche de gènes associés à des traits. Il permet aux chercheurs en biologie de mieux comprendre les mécanismes génétiques sous-jacents à différents traits.