gbs_se_gatk

Pipeline de traitement de données de séquençage d'ADN en mode séquençage unique (Single-end) utilisant BWA pour l'alignement et GATK pour l'identification des variations génétiques. Il produit des rapports de qualité de séquençage et permet de filtrer les variations génétiques selon des critères prédéfinis.

Dépôt de code

https://forgemia.inra.fr/gafl/pipelines_snakemake/gbs_se_gatk (nouvelle fenêtre)

Cas d'utilisation métiers

Analyse de données d'ADN de séquençage : rechercher des initiatives proches
Filtrage de variations génétiques à l'aide de GATK : rechercher des initiatives proches
Identification de variations génétiques uniques : rechercher des initiatives proches
Génération de rapports de qualité de séquençage : rechercher des initiatives proches

Organisation

Administration centrale
- Gouvernement (Premier ministre et ministères)
  - Ministère de l’Agriculture, de l'Agro-alimentaire et de la Souveraineté alimentaire
    - Établissements d'enseignement et de recherche - Ministère chargé de l’Agriculture, de l'Agro-alimentaire et de la Souveraineté alimentaire
      - Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement - Paris
        Centres de recherche régionaux de l'INRAE (organisation rattachée)

Outil utilisé

YAML : voir les initiatives de ses organisations qui l'ont aussi

Description générée le lundi 18 mars 2024 à 23:48:50

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