Méthode de burden testing basée sur SAIGE pour identifier des associations entre des groupes de variants génétiques et des phénotypes complexes. Permet d'analyser des données génomiques à grande échelle en utilisant des modèles mixtes généralisés pour détecter des effets cumulatifs de variants rares ou fréquents sur des traits quantitatifs ou binaires.

Virus Pop est un outil conçu pour générer des séquences protéiques virales réalistes à partir d'un groupe taxonomique spécifié en entrée. Il permet aux chercheurs en virologie de créer des jeux de données simulés pour étudier l'évolution des virus, valider des méthodes d'analyse ou visualiser des arbres phylogénétiques. L'outil facilite la modélisation de scénarios évolutifs et l'exploration de données génomiques sans nécessiter de séquences réelles.

CIsoP v3 est un pipeline bioinformatique conçu pour analyser et annoter les variants structurels (SV) dans les données de séquençage génomique. Il permet d'identifier les SV partagés entre individus d'une même famille, d'ajouter des annotations de fréquence allélique issues de GnomAD, et de générer des fichiers VCF pour chaque groupe de liaison identifié. L'outil prend en compte les intervalles de confiance des points de rupture des SV pour améliorer la précision des comparaisons.

Ce projet consiste en une analyse différentielle d'arbres à partir de données génomiques. Il permet de rechercher des variations génétiques et d'analyser les différences entre différents groupes d'individus.