BMGE (Block Mapping and Gathering with Entropy) est un programme en ligne de commande écrit en Java qui sélectionne des régions dans une multiple séquence alignment adaptées à l'inférence phylogénétique. Il offre des options simplifiées et des valeurs par défaut modifiées pour prévenir une dégradation excessive du signal phylogénétique global.

Coala est un outil d'inférence phylogénétique permettant l'analyse de données évolutives et la simulation de scénarios d'évolution. Il offre des fonctionnalités avancées pour la visualisation de données phylogénétiques et la détection d'événements évolutifs tels que les co-spécications, les duplications, les pertes et les transferts horizontaux.

Seaview est un logiciel dédié à l'analyse et à la visualisation de séquences biologiques. Il permet aux chercheurs et biologistes de manipuler des alignements multiples, de construire des arbres phylogénétiques et d'explorer les relations évolutives entre espèces. L'outil intègre des fonctionnalités avancées pour l'inférence phylogénétique et la comparaison de séquences, facilitant ainsi les études en génomique et en biologie évolutive.

Le package SAM2MSA est un ensemble d'outils en ligne de commande écrits en Java pour construire des alignements multiples (MSA) à partir de lectures alignées au format SAM. Les outils SAM2MSA sont spécifiquement conçus pour faciliter la construction rapide de MSA adaptées à l'inférence phylogénétique.

Phylogenomics est une application web dédiée à l'analyse et à la visualisation de données phylogénétiques. Elle permet aux utilisateurs de charger des alignements de séquences ou des arbres, puis d'exécuter des workflows pour inférer des arbres d'espèces ou des arbres de réconciliation. L'outil facilite l'exploration et l'interprétation des résultats biologiques.

PanACoTA est un outil logiciel dédié à la génomique comparative bactérienne à grande échelle. Il permet d'analyser des ensembles de génomes complets ou partiels pour effectuer des contrôles qualité, annoter uniformément les génomes, construire des pangénomes, identifier les génomes core ou persistants, aligner les familles de gènes et inférer des arbres phylogénétiques. Destiné aux chercheurs en microbiologie, il facilite l'étude des relations évolutives et fonctionnelles entre souches bactériennes.

JolyTree est un script en Bash permettant d'inférer rapidement un arbre phylogénétique à branches supportées à partir de séquences génomiques non-alignées.

LINtree est un outil en ligne de commande écrit en Java pour inférer des arbres prefixes avec des longueurs de branche à partir de jeux de codes LIN (Marakeby et al. 2014; Vinatzer et al. 2017; Tian et al. 2020). Ces arbres LIN-basés sont très utiles pour refléter les relations (phylogénétiques) parmi les génomes encodés.