Jep est un projet permettant d'intégrer le langage Python dans des applications Java en utilisant JNI (Java Native Interface). Cela permet de bénéficier de la maturité, de la qualité et de la documentation de Python, ainsi que de son accès à des modules de haute qualité. Jep supporte également l'utilisation de la bibliothèque NumPy avec Java et permet la création de sous-interpréteurs Python dans des applications Java.

JASS est un package Python dédié au calcul de statistiques jointes sur des ensembles de résultats GWAS et à l'exploration interactive des résultats via une interface web. Il permet de générer des statistiques jointes sur un ensemble de données GWAS sélectionnées et de produire des graphiques statiques pour illustrer les résultats. Une application web intégrée permet également d'explorer les résultats via une interface dynamique JavaScript.