La plateforme Vidjil est composée de deux parties principales : Vidjil-algo et une application web. Vidjil-algo analyse les données de séquençage à haut débit pour extraire les jonctions V(D)J et les regrouper en clones. L'application web permet la visualisation et l'analyse interactive des clones et de leur évolution dans le temps dans un contexte de suivi de la maladie résiduelle minimale ou d'étude immunologique. Elle peut également être liée à une base de données de échantillons, d'expériences et de patients pour le stockage des données et des métadonnées, l'exécution de logiciels RepSeq et la sauvegarde d'annotations directement depuis l'application web.

La plateforme Vidjil est composée de deux parties principales : Vidjil-algo et une application web. Vidjil-algo permet d'extraire des jonctions V(D)J et de les regrouper en clones à partir de données de séquençage à haut débit. L'application web permet la visualisation et l'analyse interactives des clones et de leur suivi dans le temps dans un contexte de suivi de la maladie résiduelle minimale ou d'étude immunologique. Elle peut être liée à une base de données de échantillons, d'expériences et de patients permettant le stockage de données et de métadonnées séquence, l'exécution de logiciels RepSeq et la sauvegarde d'annotations directement depuis l'application web.

Ce projet est une API permettant la collecte, la gestion et l'accès à des données via une base de données PostgreSQL. Il est développé en Node.js avec une utilisation de Koa pour le routage, de Knex.js pour l'interaction avec la base de données et de OData pour la récupération des données.

OMICS-CATALOG est un outil basé sur un pipeline Nextflow qui implémente une session de navigateur de génomes pour visualiser les données omiques et met en place un catalogue interactif de génomes basé sur l'outil de visualisation de données Keshif. Le catalogue fournit la liste des organismes modèles disponibles, ainsi que les métadonnées telles que la lignée, la version du génome, le soumetteur, etc. Pour visualiser les données omiques des organismes modèles, le catalogue donne accès à la session du navigateur de génomes, qui est implémentée en utilisant le visualiseur JBrowse2.

Projet de programmation visant à intégrer des fonctionnalités de gestion de données en mémoire, d'interaction avec une base de données SQL et de traitement de données avec le langage Kotlin. Ce dépôt contient le code source de l'application.

Le projet td1 est une application JavaFX dédiée à la gestion de données utilisateur et à l'interaction avec des bases de données. Il offre une interface graphique conviviale pour faciliter la manipulation des données.

Xeus-cling est un projet open source qui vise à fournir un environnement de développement C++ interactif et basé sur le navigateur. Il permet aux utilisateurs d'exécuter du code C++ directement dans un navigateur web, en bénéficiant d'une expérience de développement similaire à celle offerte par des langages tels que Python ou R. Grâce à son intégration avec Jupyter, xeus-cling peut être utilisé dans des workflows de recherche et de données, offrant ainsi de nouvelles possibilités pour l'utilisation de C++ dans ces domaines.

PPIDM est une approche développée par Zia Alborzi pour inférer des interactions entre domaines protéiques à partir de plusieurs sources de PPIs. Les résultats sont validés à l'aide d'un Gold-Standard extrait de bases de données structurales 3D. Les interactions sont catégorisées et comparées avec des jeux de données existants.

AIDEme est un système d'exploration de données interactives basé sur l'apprentissage actif, permettant de trouver efficacement des échantillons d'intérêt dans un grand ensemble de données. Il offre des fonctionnalités telles que la visualisation de données avec histogrammes, la sélection de colonnes et de groupes de factorisation, et l'étiquetage interactif de données.

Db-schema-doc-classic est un outil de documentation de bases de données qui génère une documentation interactive et visuelle à partir des schémas de la base de données. Il permet de faciliter la compréhension de la conception de la base de données et de documenter les structures de données.