Module IMP dédié à la modélisation bayésienne multi-échelle des structures macromoléculaires à partir de cartes de densité obtenues par cryo-microscopie électronique. Il permet d'affiner les modèles moléculaires en intégrant des données expérimentales pour améliorer la précision des structures 3D. Utilisé principalement en biologie structurale et en bioinformatique pour l'analyse de complexes macromoléculaires.

Ce projet vise à adapter un modèle de conformation 3D des séquences d'ADN pour représenter des plasmides circulaires, comme ceux présents dans les bactéries. En utilisant un algorithme génétique développé en Python, il permet de simuler et d'optimiser la trajectoire tri-dimensionnelle de longues séquences génétiques. L'objectif est de mieux comprendre les interactions moléculaires et d'améliorer la modélisation des structures génétiques complexes, notamment pour des applications en biologie synthétique ou en génomique.

Particles est un projet académique dédié à la simulation et à la visualisation de systèmes de particules en temps réel. Il permet aux étudiants et chercheurs de modéliser des phénomènes physiques complexes comme les fluides, les gaz ou les interactions moléculaires. L'outil offre une interface intuitive pour observer et analyser les comportements dynamiques des particules, facilitant ainsi l'apprentissage et l'expérimentation dans des domaines scientifiques variés.

Pastek est un simulateur d'alignements de protéines conçu pour modéliser l'évolution moléculaire. Il permet aux chercheurs en bioinformatique et en biologie évolutive de générer des données synthétiques pour étudier les régimes de sélection naturelle. L'outil facilite l'analyse des pressions évolutives en simulant des scénarios complexes de mutations et de sélection sur des séquences protéiques.

MetalWalls est un logiciel de dynamique moléculaire spécialisé dans la modélisation des systèmes électrochimiques. Il permet d'appliquer un potentiel constant aux matériaux d'électrodes, facilitant ainsi l'étude des interactions entre électrolytes et surfaces chargées. Le code intègre des méthodes avancées pour simuler des environnements complexes et valider des modèles théoriques par comparaison avec des données de référence.