CAMISIM est un logiciel permettant de modéliser des distributions d'abondance de communautés microbiennes et de simuler des jeux de données de métagénomique correspondants. Il a été principalement développé pour le défi [Critical Assessment of Metagenome Annotation (CAMI)](http://microbiome-cosi.org/cami) mais devrait être adapté à un usage général. N'hésitez pas à [ouvrir un nouvel issue](https://github.com/CAMI-challenge/CAMISIM/issues) si vous rencontrez des problèmes ou avez besoin d'aide.

Projet académique dédié à la modélisation et à l'analyse de structures logicielles en Java. Il permet de représenter des classes, méthodes et interfaces sous forme de méta-modèles, tout en appliquant des règles de conformité pour garantir la qualité du code. Les outils développés facilitent la compréhension et la vérification des architectures logicielles.

ICE est un environnement de contrôle interactif permettant l'édition graphique d'applications ambiantes émergentes. Il offre une interface visuelle pour modéliser et simuler des assemblages logiciels complexes, facilitant ainsi la conception et le test d'environnements interactifs avant leur déploiement. L'outil s'intègre dans des environnements de développement existants pour enrichir les capacités de modélisation des développeurs.

Outil dédié à la modélisation et à la génération de code pour des projets logiciels. Il permet aux développeurs de structurer leurs projets, transformer des modèles existants et automatiser la création de fichiers sources. Idéal pour les équipes cherchant à standardiser leurs processus de développement et à accélérer la production de code.

Ce projet pédagogique vise à enseigner les principes fondamentaux de la programmation orientée objet à travers des exercices pratiques et des études de cas. Il permet aux étudiants de modéliser des systèmes logiciels concrets, de comprendre les concepts d'héritage, de polymorphisme et d'encapsulation, tout en développant des compétences en analyse et conception de logiciels. Le dépôt sert de support pour des travaux dirigés et des projets universitaires.

PauWare est une bibliothèque logicielle dédiée à la modélisation et à l'exécution de machines à états pour les systèmes informatiques. Elle permet de concevoir, observer et vérifier des comportements logiciels complexes tout en assurant une compatibilité avec les versions précédentes. Développée dans le cadre d'un projet européen, elle facilite la création et le refactoring d'API pour implémenter des machines à états de manière robuste et maintenable.

Extension logicielle dédiée à l'analyse d'images biologiques, intégrée à la plateforme Icy. Elle permet de calculer des enveloppes convexes pour des ensembles de points en deux ou trois dimensions. Utilisée principalement en imagerie médicale et en bioinformatique, elle facilite la modélisation géométrique et l'analyse de structures biologiques complexes. Développée par l'unité d'analyse d'images biologiques de l'Institut Pasteur, elle s'intègre comme un outil complémentaire pour les chercheurs et biologistes.

PASTE est une pipeline logicielle visant à générer une architecture web pour des outils de prise de décision basés sur des modèles épidémiologiques développés avec le framework EMULSION. EMULSION est destiné aux modélisateurs en épidémiologie pour les aider à concevoir, simuler et réviser des modèles mécanistes stochastiques complexes sans avoir à écrire de grandes quantités de code.

Projet académique dédié à l'analyse statique de code Java et à la modélisation de systèmes de fichiers. Il permet de vérifier la conformité des noms de classes, méthodes et attributs aux conventions de nommage, d'évaluer la qualité du code et de générer des rapports structurés sur les structures logicielles. Utilisé dans un cadre pédagogique pour enseigner les bonnes pratiques de développement et la modélisation UML.

Ce projet est un tutoriel qui présente les outils et les concepts de l'ingénierie de langages logiciels pour le développement et l'intégration de langages de modélisation spécifiques à un domaine. Il utilise le studio GEMOC pour démontrer les fonctionnalités offertes par l'écosystème Eclipse (EMF/Ecore, Xtext, Sirius) et introduit les fonctionnalités avancées pour étendre un langage de modélisation avec une sémantique d'exécution bien définie, y compris les contraintes de concurrence formelles et les modèles de coordination.