Ce projet vise à adapter un modèle de conformation 3D des séquences d'ADN pour représenter des plasmides circulaires, comme ceux présents dans les bactéries. En utilisant un algorithme génétique développé en Python, il permet de simuler et d'optimiser la trajectoire tri-dimensionnelle de longues séquences génétiques. L'objectif est de mieux comprendre les interactions moléculaires et d'améliorer la modélisation des structures génétiques complexes, notamment pour des applications en biologie synthétique ou en génomique.

PanGeTools est une boîte à outils conteneurisée dédiée à l'analyse et au traitement des pangenomes. Il regroupe plusieurs logiciels spécialisés pour manipuler, visualiser et comparer des données génomiques complexes. Utilisé principalement par les chercheurs en bioinformatique, il facilite l'exploration des variations génétiques et l'optimisation des structures génomiques à grande échelle.

Ce projet vise à améliorer l'assemblage du génome du tardigrade Paramacrobiotus fairbanski, une espèce à reproduction parthénogénétique. Il utilise des données de séquençage nanopore et des contacts HiC pour reconstruire des scaffolds plus longs et cohérents. Plusieurs outils comme YAHS, GreenHill ou AutoHiC sont testés pour optimiser la structure chromosomique et réduire les fragments résiduels.