Ce projet automatise le traitement de fichiers génomiques en découpant des séquences FASTA et en exécutant des requêtes BLAST en parallèle. Il permet d'optimiser les analyses génomiques en réduisant le temps de calcul grâce à une parallélisation efficace sur des infrastructures de calcul haute performance comme SLURM. Destiné aux chercheurs et laboratoires en biologie moléculaire, il facilite l'exploration de grandes bases de données génétiques.

RNAja est un pipeline bioinformatique conçu pour analyser des données de séquençage ARN (RNAseq). Il permet d'effectuer des analyses d'expression différentielle des gènes et de générer des rapports automatisés au format Rmarkdown. Le pipeline est optimisé pour une intégration fluide avec des bases de données spécialisées comme diffexDB, facilitant ainsi la recherche en biologie moléculaire et génomique.

AlienTrimmer est un outil en ligne de commande conçu pour filtrer rapidement les bases non fiables et les séquences d'oligonucléotides étrangers (comme les adaptateurs, amorces ou barcodes) dans les données de séquençage. Il améliore la qualité des lectures en supprimant les régions problématiques en 5' et 3', tout en optimisant les performances pour les données Illumina et nanopore. L'outil est largement utilisé en bioinformatique pour préparer les données avant l'analyse génomique.

Ce projet vise à fournir des informations détaillées sur les ensembles de données, les schémas et les requêtes utilisés pour l'expérimentation dans une recherche sur l'optimisation de requêtes basée sur un schéma pour des bases de données de graphes. Les ensembles de données comprennent YAGO et LDBC-SNB, qui sont représentés sous forme de nœuds et d'arêtes dans des graphiques. Des schémas spécifiques ont été créés pour chaque ensemble de données pour aider à l'optimisation de requêtes basée sur un schéma. Les requêtes examinées dans l'étude sont acycliques et récursives ou non récursives, avec des formes de requêtes allant de l'arbre aux cycles.