Recette d'installation de machines pour le cours de phylogénie de l'Institut Pasteur. Les recettes sont basées sur Ansible et installent une série de logiciels spécialisés dans l'analyse de données phylogénétiques, ainsi que des éditeurs de texte et des navigateurs web.

FastME est un programme de reconstruction de phylogénie basé sur les distances qui fonctionne avec des matrices de distances et, depuis la version 2.0, avec des données de séquences.

Ce workflow offre une analyse automatisée des données microbiomes, en commençant par des marqueurs taxonomiques séquencés (tels que 16SrRNA) et en utilisant le boîtier à outils QIIME2 standard pour produire une table d'abondance et une analyse de diversité, phylogénie et taxonomie préliminaire.

This project is an analysis tool for comparing 13 genomes of Xanthomonas campestris strains. It retrieves data via a Django API and displays statistics, sequence alignments, and phylogenetic trees using Vue.js components.

BMGE (Block Mapping and Gathering with Entropy) est un programme en ligne de commande écrit en Java qui sélectionne des régions dans une multiple séquence alignment adaptées à l'inférence phylogénétique. Il offre des options simplifiées et des valeurs par défaut modifiées pour prévenir une dégradation excessive du signal phylogénétique global.

Coala est un outil d'inférence phylogénétique permettant l'analyse de données évolutives et la simulation de scénarios d'évolution. Il offre des fonctionnalités avancées pour la visualisation de données phylogénétiques et la détection d'événements évolutifs tels que les co-spécications, les duplications, les pertes et les transferts horizontaux.

Ce pipeline, écrit en Perl, permet l'analyse de fragments métagénomiques dans un arbre phylogénétique basé sur un génome central, afin d'identifier les espèces connues et inconnues appartenant à un clade phylogénétique défini. Cela permet de comprendre la distribution environnementale du clade d'intérêt.

REQ est un programme en ligne de commande écrit en Java qui évalue le taux d'élémentaires quartets (REQ) pour chaque branche interne d'un arbre phylogénétique non enraciné à partir d'une matrice de distances. Il est utilisé pour l'analyse de données biologiques et la reconstruction d'arbres phylogénétiques.

Le projet SMS (Smart Model Selection) est un outil dédié à la sélection de modèles pour la phylogénétique. Il permet d'analyser des données biologiques et de construire des arbres phylogénétiques en utilisant des méthodes avancées. Ce projet est le fruit du travail de Vincent Lefort, Jean-Emmanuel Longueville et Olivier Gascuel de l'Institut de Biologie Computationnelle du LIRMM (CNRS - Université de Montpellier).

PALLOR est un workflow bioinformatique permettant de créer rapidement des arbres phylogénétiques à partir de génomes annotés ou non annotés. Il peut être utile pour les projets d'assemblage de génomes après l'obtention de l'assemblage brut mais avant le processus d'annotation structurale.