Le projet rnaseq est un workflow optimisé pour l'analyse de données RNA-seq, utilisant des conteneurs Singularity pour les logiciels et le langage de description de workflow Nexflow. Il permet l'alignement de génomes et la quantification de transcrits, avec une optimisation des ressources informatiques et une utilisation sur une ferme informatique avec un scheduler Slurm.

CroCo est un programme qui détecte les événements de contamination croisée dans les transcriptomes assemblés en utilisant les données de séquençage pour déterminer l'origine réelle de chaque transcrit. Cette approche détermine d'abord un sous-ensemble de transcrits suspectés d'être similaires entre les échantillons en utilisant une procédure BLAST en paires. CroCo combine ensuite tous les transcriptomes en un métatranscriptome et quantifie le niveau d'expression de tous les transcrits successivement en utilisant les données de lecture de chaque échantillon, tout en autorisant les mappages multiples des lectures.

Le projet rsem est un outil d'analyse de données biologiques permettant l'estimation de l'abondance des gènes et la quantification des transcrits à partir de données RNA-seq. Il s'appuie sur des algorithmes avancés pour fournir des résultats précis et fiables.

Ce projet permet l'analyse de transcriptomes par assemblage de génomes, alignment de séquences sur un génome de référence et quantification des transcrits. Il utilise des outils tels que Hisat2, Stringtie et MultiQC pour fournir une analyse complète et détaillée.