Ce projet a pour but de faciliter la reproductibilité des workflows de bioinformatique en fournissant des environnements virtuels et en optimisant l'utilisation des ressources de calcul. Il vise également à promouvoir la réutilisabilité et la collaboration dans la recherche en bioinformatique.

Ce projet est un conteneur Singularity basé sur Debian 9.8 slim, contenant une installation de Miniconda3 avec Python 3.7.4 version miniconda3_py37_4.11.0. Il permet de construire et de partager un environnement logiciel reproductible pour la recherche en bioinformatique et l'analyse de données génomiques.

Biopython est un ensemble d'outils écrits en Python pour la biologie computationnelle. Il permet l'analyse et la manipulation de données biologiques, telles que des séquences d'ADN ou de protéines, et est utilisé dans la recherche en bioinformatique. Le projet fournit également des fonctionnalités pour le développement d'outils dans ce domaine.

Ce projet est une formation en ligne proposée par l'Institut Pasteur qui vise à enseigner l'utilisation de Linux et de la bioinformatique pour l'analyse de séquences du SARS-CoV-2. Les participants apprendront à utiliser des outils et des méthodes pour analyser les données de séquençage du virus et contribuer à la recherche médicale.

Ce projet est un outil d'analyse de séquences biologiques. Il permet de comparer des séquences et de calculer leur similarité. Cet outil est utile pour la recherche en biologie, la génomique et la bioinformatique.

Bbmap est un outil d'alignement de séquences courtes d'ADN écrit en Java, sans dépendances autres que Java. Il est multithreadé et efficace, et est accompagné d'autres outils bioinformatiques. Il est utilisé pour l'analyse de données génomiques et la recherche de variations génétiques.

Stoichiomatrices est un dépôt de code source contenant une collection de matrices stoichiométriques pour tester le couplage de flux. Les matrices proviennent de différentes sources et peuvent être utilisées pour construire des réseaux pour tester des logiciels de bioinformatique ou pour fournir des réseaux métaboliques pour la recherche en biologie des systèmes.

Projet regroupant des dépôts de code source dédiés à la création de pages personnelles et de ressources pédagogiques pour la recherche en bioinformatique.

Le projet Katalog est une bibliothèque visant à afficher des listes de logiciels bioinformatiques à l'aide d'un système de visualisation de données en facettes. Il s'appuie sur le logiciel open-source Keshif pour fournir une classification et une recherche multi-critères des logiciels.

CELIA est un workflow bioinformatique utilisé pour automatiser les assemblages de génomes de procaryotes à partir de données Illumina. Il permet de faire un contrôle qualité des données, d'assembler le génome, de rechercher des contaminants, d'évaluer la qualité de l'assemblage, de faire une annotation structurale et de rechercher des antibiotiques et des métabolites secondaires.