Biopython est un ensemble d'outils écrits en Python pour la biologie computationnelle. Il permet l'analyse et la manipulation de données biologiques, telles que des séquences d'ADN ou de protéines, et est utilisé dans la recherche en bioinformatique. Le projet fournit également des fonctionnalités pour le développement d'outils dans ce domaine.

Outil d'alignement de séquences biologiques permettant de rechercher des similarités entre plusieurs séquences et de visualiser les résultats sous forme d'alignements multiples.

Le projet sra-tools est un ensemble d'outils en ligne de commande permettant l'analyse et le traitement de données de séquençage à haut débit. Il inclut le SRA Toolkit et le SDK de NCBI, et permet la gestion et la manipulation de données du SRA (Sequence Read Archive). Ce projet est utilisé dans la recherche en biologie des séquences.

Ce projet est un outil d'analyse de séquences biologiques. Il permet de comparer des séquences et de calculer leur similarité. Cet outil est utile pour la recherche en biologie, la génomique et la bioinformatique.

Plugin Icy pour l'analyse d'intensité sur des pistes biologiques, développé par des membres ou anciens membres de l'unité BioImage Analysis de l'Institut Pasteur. Il s'agit d'un outil de traitement d'images dédié à la recherche en biologie, permettant le suivi de particules dans des séquences d'images.

Merrin est un outil d'analyse de données biologiques permettant la recherche de motifs dans des séquences et la visualisation de données moléculaires. Il est accessible via Docker et offre une interface conviviale pour les bioinformaticiens et les chercheurs en biologie.

Le projet IlluminaMetabarcodingPipeline est conçu pour traiter des séquences issues de séquençage à très haut débit Illumina MySeq et en découvrir des modèles, permettant ainsi l'analyse de ces séquences et l'identification des espèces biologiques associées. Il est utilisé dans le domaine de la recherche en biodiversité.

Le plugin Timestamp Overlay est un outil développé pour le logiciel d'analyse d'images biologiques Icy. Il permet d'afficher un tampon temporel personnalisable sur une séquence 2D. Ce plugin est utilisé dans le cadre de recherches en biologie pour l'annotation et le suivi temporel d'images biologiques.

BLAST+ est un nouvel ensemble d'outils BLAST qui utilise le kit NCBI C++. Il permet l'analyse de séquences biologiques, la recherche de similarités entre séquences et l'identification de gènes et de protéines.

Miniasm est un outil de reconstruction de génomes à partir de lectures longues, permettant l'assemblage de novo de séquences ADN. Il s'agit d'un logiciel open-source, souvent utilisé en combinaison avec minimap2 pour l'alignement de lectures longues. Cet outil est particulièrement adapté pour les projets de génomique, de biologie des systèmes et de recherche en génétique.