OpenAlea.Adel est un outil de modélisation et de simulation dédié à l'étude du développement architectural des plantes graminées. Il permet de reproduire en 3D la croissance et la morphologie des plantes, facilitant ainsi la recherche agronomique et l'analyse des interactions entre génétique et environnement. Les modèles intégrés, comme Adel-Maize et Adel-Wheat, aident à comprendre les mécanismes de développement végétal et à optimiser les pratiques culturales.

MorphoNet est un navigateur web innovant permettant de visualiser et d'interagir avec des ensembles de données morphodynamiques complexes, avec des applications dans la recherche et l'enseignement. MorphoNet offre un large éventail d'interactions pour explorer la structure, la dynamique et la variabilité des formes biologiques et leur lien avec les expressions génétiques. En gérant une large gamme de données morphologiques naturelles ou simulées, il comble une lacune qui a jusqu'à présent limité la compréhension quantitative de la morphodynamique et de ses fondements génétiques en contribuant à la création d'atlas morphologiques toujours plus nombreux.

Outil bioinformatique conçu pour aligner des séquences génomiques ou nucléotidiques entre elles. Il permet de comparer des génomes, d'identifier des variations génétiques ou de reconstruire des transcrits. Utilisé en recherche génomique, il facilite l'analyse des données issues de séquençage haut débit, notamment pour des applications en génétique humaine, en écologie ou en biologie évolutive.

BCFtools est un ensemble d'outils spécialisés dans la manipulation et l'analyse des variants génétiques au format VCF (Variant Call Format) ou BCF (Binary Call Format). Il permet aux chercheurs et biologistes de traiter, filtrer, comparer et extraire des données génomiques issues de séquençage haut débit. Utilisé dans les laboratoires de génétique et les centres de recherche, il facilite l'interprétation des variations génétiques pour des applications en médecine personnalisée, en agronomie ou en écologie.

GrAnnoT est un outil d'analyse génomique conçu pour transférer des annotations linéaires vers des graphes pangenomes et vice versa. Il permet d'étudier les relations entre génomes en produisant des alignements de gènes et des matrices de présence-absence. Utilisé dans la recherche en génomique, il facilite l'analyse comparative des génomes au sein de graphes pangenomes, essentiels pour comprendre la diversité génétique et les variations structurales.

Sd_ngs est un projet dédié à la gestion et à l'analyse de données génomiques. Il permet aux chercheurs et scientifiques de stocker, organiser et analyser des séquences d'ADN, facilitant ainsi la recherche en biologie moléculaire et en génétique. L'outil favorise la collaboration entre équipes et améliore l'efficacité des études génomiques.

Nf_column_reordering est un pipeline Nextflow conçu pour réorganiser et analyser des colonnes de données biologiques, notamment dans le cadre de séquences génétiques. Il permet d'automatiser des workflows complexes pour le traitement de données issues de recherches en biologie moléculaire, facilitant ainsi l'analyse et la visualisation des résultats. Développé à l'Institut Pasteur, il s'intègre dans des environnements de calcul intensif pour optimiser les processus de recherche.

R_QTLseqr est un projet en cours de développement visant à fournir des outils pour l'analyse de données génomiques et la détection de variations génétiques. Il permettra de rechercher des liens entre le génotype et le phénotype, offrant ainsi de nouvelles perspectives pour la recherche biomédicale.

Ce projet consiste en une analyse différentielle d'arbres à partir de données génomiques. Il permet de rechercher des variations génétiques et d'analyser les différences entre différents groupes d'individus.

Ce projet concerne l'étude de la levure Lachancea lanzarotensis à partir des données assemblées et annotées provenant de la source ENA. Il vise à fournir une base de données et des outils d'analyse pour la recherche en génétique et génomique.