Slitherine est un outil bioinformatique conçu pour identifier et analyser les différences significatives entre deux matrices de contact génomique. Il permet de comparer des données issues de séquençage haut débit, comme celles obtenues lors d'expériences de conformation chromosomique, afin de mettre en évidence des variations entre conditions biologiques. L'outil génère des rapports détaillés, des visualisations graphiques et des fichiers de résultats exploitables pour la recherche en génomique.

Ce projet vise à améliorer l'assemblage génomique de la petite mulette, une espèce d'eau douce en déclin, en utilisant des données de séquençage PacBio et Hi-C. L'objectif est de reconstruire un génome de référence à l'échelle chromosomique pour étudier les trajectoires démographiques d'espèces modèles et en déclin, afin d'éclairer les stratégies de conservation. Les analyses incluent le nettoyage des données, l'évaluation de la qualité des assemblages et la comparaison de méthodes de scaffolding.

Ce projet vise à améliorer l'assemblage du génome du tardigrade Paramacrobiotus fairbanski, une espèce à reproduction parthénogénétique. Il utilise des données de séquençage nanopore et des contacts HiC pour reconstruire des scaffolds plus longs et cohérents. Plusieurs outils comme YAHS, GreenHill ou AutoHiC sont testés pour optimiser la structure chromosomique et réduire les fragments résiduels.