Le projet hdfdataslicer permet l'analyse et le traitement de données multi-dimensionnelles stockées dans des fichiers HDF. Il offre la possibilité de générer des tranches de données pour une visualisation et un analyse simplifiées.

Ce projet permet d'analyser la concentration de drogues dans des bactéries à partir d'images obtenues par microscopie à fluorescence. Il suit la méthode décrite par Julia et al. dans l'article « Spectrofluorimetric quantification of antibiotic drug concentration in bacterial cells for the characterization of translocation across bacterial membranes » publié dans Nature Methods en 2018. Le projet permet de traiter les images (enregistrement et segmentation des bactéries) et de stocker les données dans un fichier HDF. Un visualiseur utilisant des widgets Jupyter est ensuite utilisé pour analyser les données.

Parscival est un outil de transformation et d'interprétation de données conçu à l'origine pour traiter des fichiers PubMed nbib et les exporter au format CorText Graph. Il permet de définir des spécifications d'analyse et de transformation de données dans des fichiers YAML, et de produire des fichiers de sortie au format HDF5, JSON ou SQLite.