Librairie et suite logicielle dédiée à l'indexation et à l'analyse de k-mers (séquences courtes) issus de données de séquençage biologique haut débit. Elle permet de traiter de grands volumes de séquences génomiques en utilisant le protocole MPI pour une distribution efficace des calculs sur des clusters de machines. Les résultats peuvent être exploités pour des études génomiques, métagénomiques ou épidémiologiques.

Magasp est un outil dédié à la reconstruction de MAGs (Metagenome-Assembled Genomes) à partir de données métagénomiques. Il permet d'analyser les distances entre contigs, de prédire les gènes marqueurs et de traiter des matrices d'abondance et de TNF (TetraNucleotide Frequency). Utilisé principalement en recherche académique, il facilite l'assemblage et l'interprétation de génomes issus de communautés microbiennes complexes.

Ce projet permet d'identifier et de quantifier les bactéries présentes dans le microbiote de souris issues de la lignée OligoMM12, élevée dans les animaleries de l'Institut Pasteur. Il génère des fichiers de comptage, d'annotation et des visualisations interactives (Krona) pour analyser les proportions relatives des bactéries. Les données sont traitées via un workflow automatisé, disponible sur Galaxy et en ligne de commande, facilitant l'analyse métagénomique pour la recherche biomédicale.

MetagWGS est une pipeline d'analyse bioinformatique utilisant Nextflow pour le séquençage de génomes métagénomiques entiers. Il traite les données raw .fastq/.fastq.gz et/ou des assemblies (contigs) .fa/.fasta. Les modules du workflow comprennent le nettoyage et le filtrage des séquences, l'assemblage, l'annotation structurale et fonctionnelle des gènes.