Nf-ribolace est un pipeline bioinformatique conçu pour analyser les données de profilage ribosomique générées avec la technologie RiboLace. Il permet de traiter des fichiers FASTQ issus de séquençage, d'effectuer des étapes de contrôle qualité, de découpage des séquences, d'alignement sur un génome de référence et de déduplication. Le pipeline produit un rapport de qualité complet pour évaluer la qualité des données à chaque étape du traitement.

Outil bioinformatique dédié à l'identification et à l'analyse des intégrons dans le génome des procaryotes. Il permet de traiter des données de séquençage (fichiers FASTQ) pour détecter des cassettes d'intégrons et générer des rapports détaillés incluant des figures et des statistiques. Utilisé principalement dans le cadre de recherches en microbiologie et génétique.

Outil d'alignement et d'analyse de données RNAseq (notamment SMART-Seq2) pour la génomique. Ce pipeline automatise le traitement des fichiers FASTQ en les alignant sur un génome de référence avec Hisat2, puis en comptant les transcrits avec htseq-count. Il génère des fichiers BAM, des tableaux de comptage bruts et normalisés, ainsi que des données prêtes pour des analyses différentielles avec DESeq2.

Seqtk est un outil léger et rapide pour le traitement de séquences biologiques au format FASTA ou FASTQ. Il prend en charge la lecture des deux formats de fichiers, qui peuvent être compressés avec gzip. Il est utilisé dans l'analyse de données biologiques, telles que l'alignement de séquences, le filtrage de données, etc.

Splitfastq est un outil en ligne de commande conçu pour fragmenter des fichiers FASTQ, utilisés en génomique pour stocker des séquences d'ADN. Il permet de diviser ces fichiers en sous-ensembles de données, facilitant ainsi leur traitement parallèle par des logiciels comme bwa. L'outil est particulièrement utile pour accélérer les analyses de séquençage en répartissant la charge de calcul sur plusieurs processus.

GRAAL est une bibliothèque C++ en en-tête unique conçue pour manipuler des banques génomiques et des modèles de k-mers. Elle permet de créer, stocker et analyser des séquences ADN à partir de fichiers FASTA ou FASTQ, avec des fonctionnalités avancées comme l'encodage compact de l'ADN et la gestion de collections de banques. Utilisée pour des analyses génomiques, elle facilite le traitement de grandes quantités de données biologiques.

Le projet wgs_gatk est un pipeline de traitement de données de séquençage d'ADN en mode paired-end Illumina. Il permet de passer des données brutes au format fastq à un fichier vcf contenant les variations génétiques identifiées, en suivant les bonnes pratiques de GATK. Le pipeline est géré par Snakemake et utilise SLURM pour l'exécution parallélisée des tâches.

SeqKit est un outil bioinformatique multiplateforme et ultra-rapide conçu pour manipuler des fichiers de séquences biologiques au format FASTA ou FASTQ. Il permet d'effectuer des opérations courantes comme le filtrage, le tri, la conversion ou l'extraction de séquences, facilitant ainsi l'analyse et le traitement de données génomiques à grande échelle.

Ce workflow Snakemake automatise la conversion de fichiers fastq en fichiers VCF pour l'analyse de données génomiques à faible couverture. Il est conçu pour simuler des populations biparentales et a été utilisé dans le cadre du projet ANR RecombinationLandscape. Le pipeline intègre des outils spécialisés pour traiter des données de séquençage NGS et produire des résultats exploitables pour des recherches en génétique.

Ce projet permet de traiter des données génomiques pour filtrer et assembler des séquences virales, notamment celles du SARS-CoV-2. Il automatise le filtrage des lectures génomiques et l'assemblage de génomes à partir de fichiers FASTQ et FASTA, facilitant ainsi l'analyse bioinformatique des données génomiques.