Le projet vasa-aleph-zero est dédié au traitement de séquences issues de séquençage à très haut débit Illumina MySeq pour découvrir des modèles et identifier des espèces dans le domaine de la biologie.

Le projet IlluminaMetabarcodingPipeline est conçu pour traiter des séquences issues de séquençage à très haut débit Illumina MySeq et en découvrir des modèles, permettant ainsi l'analyse de ces séquences et l'identification des espèces biologiques associées. Il est utilisé dans le domaine de la recherche en biodiversité.

Plugin Icy pour l'analyse d'intensité sur des pistes biologiques, développé par des membres ou anciens membres de l'unité BioImage Analysis de l'Institut Pasteur. Il s'agit d'un outil de traitement d'images dédié à la recherche en biologie, permettant le suivi de particules dans des séquences d'images.

Seqtk est un outil léger et rapide pour le traitement de séquences biologiques au format FASTA ou FASTQ. Il prend en charge la lecture des deux formats de fichiers, qui peuvent être compressés avec gzip. Il est utilisé dans l'analyse de données biologiques, telles que l'alignement de séquences, le filtrage de données, etc.

Le projet sra-tools est un ensemble d'outils en ligne de commande permettant l'analyse et le traitement de données de séquençage à haut débit. Il inclut le SRA Toolkit et le SDK de NCBI, et permet la gestion et la manipulation de données du SRA (Sequence Read Archive). Ce projet est utilisé dans la recherche en biologie des séquences.