Outil automatisé dédié à l'analyse de données génétiques pour identifier les loci associés à des traits complexes à partir de séquences Pool-Seq. Il permet de traiter des données de séquençage variées (PE, SE, SPET) et d'extraire des variants génétiques pertinents pour des études de cartographie génétique. Le pipeline génère des rapports détaillés et des visualisations pour faciliter l'interprétation des résultats.

GAZODUC est un pipeline bioinformatique développé pour l'analyse de données génomiques, notamment utilisé à l'Institut du Thorax à Nantes. Il permet de traiter des séquences génomiques en utilisant des outils comme Nextflow pour automatiser des workflows complexes. Le projet facilite la gestion de données issues de séquençage haut débit et génère des résultats exploitables pour la recherche médicale et génétique.

Ce projet automatise le traitement de fichiers génomiques en découpant des séquences FASTA et en exécutant des requêtes BLAST en parallèle. Il permet d'optimiser les analyses génomiques en réduisant le temps de calcul grâce à une parallélisation efficace sur des infrastructures de calcul haute performance comme SLURM. Destiné aux chercheurs et laboratoires en biologie moléculaire, il facilite l'exploration de grandes bases de données génétiques.

Pipeline d'analyse dédié au séquençage d'exomes, permettant de traiter des données de lecture génomique pour identifier et annoter des variants. Il automatise les étapes clés comme l'alignement des séquences, la détection de mutations et l'annotation fonctionnelle, facilitant ainsi l'interprétation des données génomiques pour des applications en recherche médicale ou en génétique clinique.

Nf_column_reordering est un pipeline Nextflow conçu pour réorganiser et analyser des colonnes de données biologiques, notamment dans le cadre de séquences génétiques. Il permet d'automatiser des workflows complexes pour le traitement de données issues de recherches en biologie moléculaire, facilitant ainsi l'analyse et la visualisation des résultats. Développé à l'Institut Pasteur, il s'intègre dans des environnements de calcul intensif pour optimiser les processus de recherche.

Outil dédié à l'analyse et au traitement de données génomiques. Il permet d'extraire et de calculer la longueur des gènes à partir de fichiers GTF, facilitant ainsi les études en bioinformatique et génétique. Ce projet s'adresse principalement aux chercheurs et biologistes travaillant sur des séquences d'ADN.

BPM est un logiciel spécialisé dans la recherche exacte de motifs génétiques dans l'ADN. Il permet d'indexer des milliers de motifs génétiques pour les retrouver rapidement dans des génomes complets. L'outil est optimisé pour traiter des génomes bactériens en moins d'une seconde, même avec des centaines de milliers de motifs à rechercher. Il est particulièrement utile pour l'analyse génomique, la détection d'allèles ou la comparaison de séquences.

Outil dédié à la compression et à l'analyse de séquences génétiques ou biologiques. Il permet de réduire les répétitions dans les données tout en conservant leur intégrité, facilitant ainsi leur stockage et leur traitement. Idéal pour les chercheurs en bioinformatique ou les laboratoires manipulant de grands volumes de séquences.

Le projet deep-sequoia est un outil d'analyse de données génétiques dédié à la recherche en bio-informatique. Il permet le traitement et l'interprétation de données massives issues de séquençage à haut débit.

Pipeline de traitement de données de séquençage d'ADN en mode séquençage unique (Single-end) utilisant BWA pour l'alignement et GATK pour l'identification des variations génétiques. Il produit des rapports de qualité de séquençage et permet de filtrer les variations génétiques selon des critères prédéfinis.